Ιδρύθηκε στις 24 Ιουνίου 1797 από τον πατέρα Φερμίν Λασούεν, η Μισιόν Σαν Χουάν Βαπτίστα (στην παρούσα San Benito County, CA) ήταν η 15η από τις 21 μισιόν της Άλτας Καλιφόρνιας. Η τοποθεσία της επιλέχθηκε για:
Γειτνιάζει με ένα μεγάλο χωριό Μουτσούν (Ολόνε/Κοστάν) (Popeloutchom). Οι μισιόν απαιτούσαν συγκεντρωμένο θύμα εργατικής δύναμης για δομές, γεωργία και προσήλυση.
Βρίσκεται σε υψωμένη τέρρα πάνω από την κοιλάδα Σαν Χουάν, με τον σφαιρικό ρήχτσα της Andreas Fault να παρέχει φυσικό πίσω φράγμα. Κυρίαρχες θείς προσεγγίσεων.
Στο βασικό μονοπάτι μισιόν μεταξύ Μισιόν Σαν Κάρλος Μπορρόμεο (Κάρμελ) και Μισιόν Σαντα Κρούζ, περίπου μίας ημέρας ταξίδι από κάθε'una.
Η μισιόν ευδοκίμησε: κορυφαίος πληθυσμός 1.200+ νεόφυτα, τεράστια κοπάδια, παραγωγική γεωργία. Ο ναός (πιο ευρύ νευρά της οποιασδήποτε μισιόν) επιβιώνει στις αρχικές θεμελίους, περπατώντας τη Σφαιρική Andreas Fault.