Μία από τις πιο σημαντικές αρχές της κυβέρνησης της Αποικίας του Πλύμουθ ήταν η έννοια της αυτοδιοίκησης. Οι Προσκυνητές πίστευαν ότι όλα τα μέλη της κοινότητας έπρεπε να έχουν λόγο για τον τρόπο διακυβέρνησής τους και υιοθέτησαν ένα σύστημα συνεδριάσεων της πόλης όπου όλοι οι άνδρες άποικοι μπορούσαν να συμμετέχουν στη λήψη αποφάσεων. Αυτό το σύστημα αυτοδιοίκησης εμπνεύστηκε από τις εμπειρίες των Προσκυνητών στην Αγγλία, όπου τους είχε στερηθεί το δικαίωμα να συμμετέχουν στην κυβέρνηση.
Μια άλλη σημαντική αρχή της κυβέρνησης της Αποικίας του Πλύμουθ ήταν ο διαχωρισμός εκκλησίας και κράτους. Οι Προσκυνητές πίστευαν ότι η θρησκεία έπρεπε να είναι προσωπική υπόθεση και δεν ήθελαν η κυβέρνηση να ανακατεύεται σε θρησκευτικές υποθέσεις. Αυτή η αρχή ήταν επίσης προϊόν των εμπειριών των Προσκυνητών στην Αγγλία, όπου είχαν διωχθεί για τις θρησκευτικές τους πεποιθήσεις.
Εκτός από αυτές τις βασικές αρχές, η κυβέρνηση της Αποικίας του Πλύμουθ θέσπισε επίσης μια σειρά από συγκεκριμένους νόμους και κανονισμούς που είχαν σχεδιαστεί για την προώθηση του κοινού καλού. Αυτοί οι νόμοι περιλάμβαναν διατάξεις για τη διανομή της γης, τη ρύθμιση του εμπορίου και την τιμωρία του εγκλήματος. Οι Προσκυνητές πίστευαν ότι αυτοί οι νόμοι ήταν απαραίτητοι για τη δημιουργία μιας δίκαιης και τακτοποιημένης κοινωνίας και εμπνεύστηκαν από τους νόμους που είχαν βιώσει στην Αγγλία.
Έτσι, οι εμπειρίες των Προσκυνητών από την Αγγλία διαμόρφωσαν άμεσα την κυβερνητική υποδομή που δημιουργήθηκε στην αποικία του Πλύμουθ
