Το Estero Bay Preserve διαθέτει δύο συστήματα μονοπατιών με συνδυασμένο μήκος περίπου 12 μίλια. Το σύστημα Estero River Scrub έχει περισσότερους από 8 μίλια μονοπατιών για πεζοπορία και ορειβασία που τρέχουν μέσω flatwoods, αλυκών πεδίων και мангρόβ. Σε πολλά σημεία, τα μονοπάτια παρέχουν πανεμορφικές θέας του ποταμού Estero River. Το σύστημα Winkler Point έχει περισσότερους από 4 μίλια μονοπατιών με πλατφόρμες παρατήρησης για να δείτε υδατόπουλα, βουρωτά πουλιά, χελώνες gopher, τζιρίνες και ξυλοκόπους. Καμία από τις δύο συστήματα μονοπατιών δεν έχει τουαλέτες ή άλλες εγκαταστάσεις. Οι πεζοπόροι πρέπει να φέρουν το δικό τους νερό, αντιμυκτικό και σνακ.
Πέρα από την πεζοπορία, το Estero Bay προσφέρει ευκαιρίες για πολλούς άλλους τύπους αναψυχής, όπως βάρκα, κánoε και καγιέ. Επειδή το πάρκο δεν έχει εγκαταστάσεις σκαλοπατισμού, οι επισκέπτες πρέπει να κατεβάσουν τα σκαφή τους στο γειτονικό Koreshan State Historic Site ή το Lovers Key State Park. Το Estero Bay έχει επίσης μονοπάτια ποδηλασίας, και το ψαρέμα επιτρέπεται σε καθορισμένες περιοχές. Οι δεσμωμένοι σκύλοι επιτρέπονται σε ορισμένες περιοχές του πάρκου.
Το Estero Bay Preserve ιδρύθηκε για να μπει φραγμός στον κόλπο από την πλησιάζουσα ανάπτυξη, και η πρωτεύουσα εστίαση στη διαχείριση της φύλαξης σήμερα είναι να προστατέψει την μοναδική κοινότητα φυτών και άγριας ζωής του κόλπου. Πέρα από την ανάπτυξη, τα μη ντόπια είδη φυτών είναι σταθερή απειλή για τη φύλαξη. Υψηλές προτεραιότητες είναι ο έλεγχος και η αφαίρεση του πιπεριού βραζιλιάνικου, πεύκου αστραλιανού και δέντρων melaleuca. Απειλούμενα είδη άγριας ζωής που βρίσκονται στο Estero Bay περιλαμβάνουν τον καρφωτό αετό. Ο αριθμός αυτών των πουλιών αυξάνεται στο πάρκο, με μέσο όρο πέντε νεογνά να φτάνουν στην ωριμότητα κάθε χρόνο.
Δύο άλλα πάρκα κράτους εντός 15 μίλια από το Estero Bay Preserve έχουν μονοπάτια πεζοπορίας. Το Koreshan State Historic Site, παραλληλοειδές με το Estero Bay — αν και η είσοδός του είναι 13 μίλια νοτιοανατολικά της είσοδου του Estero Bay Preserve — έχει μονοπάτι πεζοπορίας παράλληλα με τον ποταμό και ένα μονοπάτι τρέξιμο μέσω habitat πεύκων flatwoods. Το Lovers Key, 14 μίλια νότια του Estero στο Fort Myers Beach, έχει 8 μίλια μονοπατιών, συμπεριλαμβανομένου του 2.5-μιλιου Black Island Trail, το οποίο τρέχει μέσω maritime hammock.
