Μια ποικιλία τόσο ντόπιων όσο και μη ντόπιων ψαριών βρίσκονται στη Λίμνη Superior. Συνολικά, υπάρχουν 89 είδη, από τα οποία 38 είναι ντόπια και 21 μη ντόπια. Η λίμνη έχει λιγότερα είδη από τις άλλες μεγάλες λίμνες, και χαμηλότερη πυκνότητα ψαριών. Αυτό οφείλεται στο ότι θεωρείται ultra-oligotrophic, σημαίνοντας ότι υπάρχουν σχετικά χαμηλά επίπεδα θρεπτικών ουσιών στο νερό.
Διάφορα είδη πέρκας βρίσκονται στη Λίμνη Superior. Οι ντόπιες Brook Trout και Lake Trout βρίσκονται, όπως και οι μη ντόπιες Brown Trout και Rainbow Trout. Η Brook Trout, η μόνη ρυακιοκατασκηνούσα τρούτα ντόπια στα Μεγάλα Λίμνες, είναι περίπου 10 έως 16 ίντσες μακρά, και είναι πράσινη και καφέ. Η Lake Trout είναι 17 έως 27 ίντσες και ανοιχτόχρωμη. Λίγες επιβιώνουν στη λίμνη, αλλά οι επιστήμονες εργάζονται για να αυξήσουν τα stocks. Η Brown Trout είναι 16 έως 24 ίντσες μακρά, πράσινη/καφέ στο χρώμα, και προέρχεται από την Ευρώπη. Η μετανεστευτική Rainbow Trout είναι 20 έως 30 ίντσες μακρά, και ασημί.
Τα κύρια είδη πέρκας στη λίμνη είναι η ντόπια Κίτρινη Πέρκα και η μη ντόπια Λευκή Πέρκα. Η Κίτρινη Πέρκα είναι 6 έως 10 ίντσες μακρά και πράσινο-καφέ. Είναι προσαρμοστική και ζει σε φάσμα biotopes στη λίμνη. Η Λευκή Πέρκα εισήχθη στα Μεγάλα Λίμνες τη δεκαετία του 1950 μέσω των Καναλιών Erie και Welland. Είναι ντόπια στην ατλαντική ακτή. Είναι 5 έως 7 ίντσες μακρά και γκρισπό-πράσινη ή καφέ.
Τα κύρια είδη σαλμόνων που βρίσκονται είναι ο Chinook Salmon, Coho Salmon και Pink Salmon. Όλα είναι μη ντόπια. Ο Chinook Salmon είναι μεγάλος, έως περίπου 50 ίντσες μακράς. Γνωστοί ως King Salmon, και είναι κοινό τρόφαιο ψαριού για αλιείς. Ο Coho Salmon είναι 11 έως 26 ίντσες και ασημί, και δημοφιλής με αθλητικούς αλιείς. Ο Pink Salmon είναι 14 έως 18 ίντσες, μπλε/πράσινο και ασημί, και συχνά πιάνεται εμπορικά. Ο Ατλαντικός Σαλμώνας βρίσκεται μερικές φορές αλλά δεν αναπαράγεται στη λίμνη.
Τα στούργιον μετρούν περίπου 3 έως 5 πόδια μακρά, και είναι γνωστά σε πολλούς ως «ζωντανά αψευστήρια». Είναι καφέ και γκρι, και καλυμμένα με οστώδεις πιάκες. Τendance να κινούνται αργά παράλληλα με το κατώτατο σημείο της λίμνης. Εμπορεύονται, ειδικά για το καβιάρι τους. Ζουν 50 χρόνια, αλλά αναπαράγονται μόνο κάθε τέσσερα έως εξαέτη, κάνοντάς τα ευάλωτα στην υπεραλίευση.
