Το νησιωτικό συγκρότημα της Ιαπωνίας περικυκλώνεται από τέσσερις πριμαιρίες θάλασσες και τον Ειρηνικό Ωκεανό:
| Κατεύθυνση | Θάλασσα | Σημειώσεις |
|---|---|---|
| Βορράς | Θάλασσα της Ιαπωνίας (Ανατολική Θάλασσα) | Διαχωρίζει Ιαπωνία από Ρωσία/Κορέα· θερμή ρεύμα Τσουσίμα. |
| Ανατολή | Βόρειος Ειρηνικός Ωκεανός | Βαθιές φάραγγες (Ιαπωνία, Ιζου-Μπονίν, Μαριάνες)· ρεύμα Κουροσίβο. |
| Νότος | Φιλιππινική Θάλασσα | Υποτροπική· Νησιά Ρيوκιού· κοραλλιογενείς ρίφοι. |
| Δύση | Ανατολική Κινεζική Θάλασσα | Ψηλό νερίτημα· Λεκάνη Ανατολικής Κινεζικής Θάλασσας· διαμφισβητούμενα Σενκάκου/Ντιαγιού. |
| Εσωτερική | Θάλασσα Σέτο Εσωτερική (Σέτο Ναϊκάι) | Μεταξύ Χονσού, Σικοκού, Κιουσού· 3.000+ νησιά· ήρεμα, νησιά τέχνης (Ναοσίμα). |
Αυτά τα νερά ορίζουν το κλίμα της Ιαπωνίας (μουσσούνες, τυφώνες), την αλιεία, τις εμπορικές διαδρομές και τα εδαφικά διαφορενδ.
