Η κλίση υψόμετρου 11.000 ποδιών του Γιόσεμιτ δημιουργεί ξεχωριστικές οικολογικές κοινότητες:
Πυκνά, πάντα ירוקה θάμνοι (μανζάνιτα, κεανόθος, τσαμίζ) προσαρμοσμένοι στην καλοκαιρινή ξηρασία. Βιότοπος για ελάφια, κουνέλια, ουράγια, ερπετά.
Μπλε δρῦς, εσωτερική δρῦς, γκρι πεύκη savannas. Υψηλή βιοποικιλότητα: ξυλοκόπος βαλανιδιών, ελάφια, γκρι σκιούροι, ποικίλα υπόδενδρα.
Μικτά κονοειδή: πεύκη πονδέροζα, πεύκη σάκκαρ, λευκή ελάτη, θυμιαμακιά. Θαμνών Γιγάντεων Σεκουαίας (Μαριπόσα, Τυολούμνε, Μερσέδ) στη νότια πάρκο. Μαύρα αρκούδια, μούλ ελάφια, πολλοί πτηνοί.
Χορτοειδή πεδιάδες, εκθέσεις αγγελιών, κρουμχόλτς λευκόφυλλο πεύκο. Ειδικευμένοι: κίτρινο-κοιλιαλός μαρμότα, πιίκα, κλαρκς νουτακερ, αρνιά Σιέρα Νεβάδα.
Ποταμογραμμές με ιτέες, κληματίδες, ποπλιές. Κρίσιμα για αμφίβια, υδατικά έντομα, μετανάστευση πτηνών, και ντόπιες ψαριές.
Αυτή η κατακόρυφη ποικιλότητα καθιστά το Γιόσεμιτ hotspot βιοποικιλότητας και ζωντανό εργαστήριο για έρευνα κλιματικής αλλαγής.