Το Isla Mujeres, που βρίσκεται οκτώ μίλια από την ακτή του μεξικανικού resort Cancun, έχει τροπικό κλίμα. Η μέση θερμοκρασία είναι 80 μοίρες F (27 C). Η θερμοκρασία σπάνια πέφτει τόσο χαμηλά όσο 54 μοίρες F.
Υπάρχει λίγη εποχιακή διακύμανση στη θερμοκρασία. Η μέση μέγιστη κυμαίνεται από 81 F τον Ιανουάριο έως 90 F τον Ιούλιο και Αύγουστο. Οι μέσες ελάχιστες θερμοκρασίες κυμαίνονται από 67 F τον Ιανουάριο έως 78 τον Ιούνιο και Ιούλιο.
Ο χειμώνας είναι η ξηρότερη περίοδος, ενώ το καλοκαίρι είναι η πιο υγρή. Η μέση μηνιαία βροχόπτωση κυμαίνεται από .28 ίντσες τον Φεβρουάριο έως 2.62 ίντσες τον Αύγουστο.
Το καλοκαίρι είναι η πιο υγρή περίοδος. Είναι η λιγότερο υγρή στα τέλη χειμώνα και νωρίς την άνοιξη. Οι μέσες όρους σχετικής υγρασίας κυμαίνονται από 35 τοις εκατό τον Μάρτιο έως 66 τον Σεπτέμβριο.
Οι πιο ηλιόλουσες μέρες συμβαίνουν στον χειμώνα. Το λιγότερο ποσό ηλιοφάνειας είναι στα τέλη καλοκαιριού και νωρίς φθινόπωρο. Οι μέσες όροι ημερήσιων ωρών ηλιοφάνειας κυμαίνονται από πέντε τον Αύγουστο, Σεπτέμβριο και Οκτώβριο έως εννέα τον Φεβρουάριο.
Οι επικρατείς άνεμοι είναι από την ανατολή. Συνήθως υπάρχει αρκετά δυναμή αύρα που συνδέεται με την ωκεανική ροή Gulfstream που περνάει από το νησί.
Το Isla Mujeres βρίσκεται στη ζώνη προελαίνων. Σεπτέμβριος και Οκτώβριος είναι οι μήνες όταν τροπικές καταιγίδες ή προελαίνες είναι πιο πιθανές.