Το Ellis Island βρίσκεται στον Ωκεανικό Κόλπο Νέας Υόρκης,一个 προστατευμένο λιμάνι συνδεδεμένο με τον Ατλαντικό Ωκεανό μέσω των Narrows και του Κάτω Κόλπου Νέας Υόρκης. Αν και ο κόλπος ανοίγει στον Ατλαντικό, το νησί samotό δεν είναι «στον Ατλαντικό Ωκεανό» γεωγραφικά — βρίσκεται σε προστατευμένο λιμάνι, περίπου 1 μίλιο από τη Μάνχταν και 300 γιάρδες από τη Λιβερτί Island. Αυτή η τοποθεσία επιλέχθηκε ακριβώς για τα ήρεμα νερά και την πλησιέστερη στη λιμάνι της Νέας Υόρκης.
