Οι κροκόδειλοι δεν ζουν στον ποταμό Αμαζόνιος. Οι πραγματικοί κροκόδειλοι (οικογένεια Crocodylidae) είναι ενδημικοί στην Αφρική, την Ασία, την Αυστραλία και τις παρακτιώδεις ζώνες των Αμερικών (αμερικανικός κροκόδειλος στη Φλόριντα, τις Καραΐβες, τις παρακτιώδεις περιοχές της Κεντρικής/Νότιας Αμερικής) — αλλά όχι στο λεκάνη της Αμαζονίας.
Το μεγάλο κροκοδειλόμορφο της Αμαζονίας είναι η μαύρη καϊμάν (Melanosuchus niger) — ένα στενό συγγενές στην οικογένεια Alligatoridae, υποοικογένεια Caimaninae. Μεγαλώνει στα 4–5 μέτρα (13–16 πόδια), κορυφαίος хищτής στα αμαζονικά νερά. Άλλες καϊμάνους της Αμαζονίας: καϊμάν με γυαλιά (Caiman crocodilus), νάνος καϊμάν (Paleosuchus spp.).
Η Αμαζονία φιλοξενεί επίσης: πιράñas, αραπαΐμα, ηλεκτρικές χέλες, ροζ δελφίνια ποταμών (boto), γίγαντες βίδρες, λάμαντιν, ανακόνδα, χελώνες και άπειρα ψάρια/ασπόνδυλα — αλλά κανέναν πραγματικό κροκόδειλο.
Κλειدی Διαφορά: Οι κροκόδειλοι έχουν β-μορφή ρινα, ορατές κάτω δόντια όταν το στόμα είναι κλειστό, αλατοπαραγωγάδες αδένες για θαλάσσια ανοχή. Οι καϊμάνους έχουν υ-μορφή ρινα, κρυμμένες κάτω δόντια, καμία αλατοπαραγωγάδα αδένα — ειδικοί στα γλυκά νερά.
