Το κλίμα του El Yunque επηρεάζεται από διάφορους παράγοντες, όπως η θέση του στους τροπικούς, το υψόμετρο και η παρουσία του Ατλαντικού Ωκεανού. Η εγγύτητα του δάσους με τον ισημερινό σημαίνει ότι δέχεται πολλή ηλιακή ακτινοβολία, η οποία θερμαίνει τον αέρα και δημιουργεί ένα υγρό κλίμα. Το υψόμετρο του δάσους παίζει επίσης ρόλο, με τα υψηλότερα υψόμετρα να είναι πιο δροσερά και υγρά από τα χαμηλότερα υψόμετρα. Ο Ατλαντικός Ωκεανός βοηθά επίσης να μετριαστεί το κλίμα του δάσους παρέχοντας υγρασία και δροσιστικά αεράκια.
Το κλίμα του El Yunque είναι σημαντικό για την υποστήριξη του ποικίλου οικοσυστήματος του δάσους. Το ζεστό, υγρό κλίμα είναι ιδανικό για την ανάπτυξη φυτών και ζώων των τροπικών δασών. Η υψηλή βροχόπτωση του δάσους βοηθά επίσης στη δημιουργία ενός καταπράσινου περιβάλλοντος.