Η σεκουλαρισμός του συστήματος μισιών της Καλιφόρνια (1833-1836) υπό μεξικανική κυριαρχία καταστρέφει τις εγχώριες κοινότητες που είχαν συγκεντρωθεί στις μισιόνες για δεκαετίες. Πέντε συνδεδεμένες συνέπειες ακολούθησαν:
Οι μισιόνες κράτησαν γη «σε πίστη» για νεοφώτιστους (βαπτισμένους Εγχωρίους). Ο σεκουλαρισμός μεταφέρθηκε αυτά τα τεράστια κτήματα σε μεξικανούς εκχωρημένους — ρανσέρους και πολιτικούς συμμαχικούς. Οι Εγχώριοι χάσανε νόμιμη δικαίωση σε γη που εργάστηκαν για γενιές.
Χωρίς προστασία μισιόνες, πολλοί εξωθώθηκαν σε περιθωριακά εδάφη, πρώιμες σπηλιάδες ή πιεσμένοι να εργαστούν στα νέα ranchos. Η περίοδος 1850s ΗΠΑ έντασε αυτό μέσω κρατικά εξουσιοδοτημένων μιλιτιών και της Πράξης 1850 για Κυβέρνηση και Προστασία Ινδιών (πραγματικά νομικοποιώντας indentured servitude).
Οι μισιόνες είχαν αναγκαστικά αναδιαμορφώσει την εγχώρια ζωή — γλώσσα, θρησκεία, εργασία, κοινωνική οργάνωση. Ο σεκουλαρισμός διαλυσε απότομα αυτό το επιβλημένο σύστημα χωρίς να επαναφέρει τις προ-επικοινωνιακές δομές, αφήνοντας πολιτιστικό κενό και αποσύνδεση.
Πρόβατα, καλλιέργειες και υποδομή μισιόνες — χτισμένα από εγχώρια εργασία — εκμεταλλεύθηκαν από εκχωρημένους. Οι Εγχώριοι χάσανε τροφική ασφάλεια, εργαλεία και δίκτυα εμπορίας, ωθώντας κοινότητες σε εξάρτηση και λιμός.
Μετά τον σεκουλαρισμό, μεξικανικές και αργότερα ΗΠΑ αρχές διέδιδαν ρητή αφομοίωση: καταστολή γλωσσών, τελετουργιών, διακυβέρνησης; απομάκρυνση παιδιών σε boarding schools; απόρριψη νομικής προσωπικότητας.
Ο εγχώριος πληθυσμός της Καλιφόρνιας πέφτει από ~150.000 (1830) σε ~30.000 (1870) — ασθένειες, βία, λιμός, συστημική αποσποίηση. Το τέλος του συστήματος μισιόνες δεν ήταν απελευθέρωση· ήταν νέα φάση κολονισμού.
Σύγχρονες καλιφορνιακές φυλές συνεχίζουν προσπάθειες πολιτιστικής αναβίωσης και επιστροφής γης που αντιμετωπίζουν αυτή την ιστορία.
