Η χώρα στη Νοτιοανατολική Ευρώπη που έχει κατηγορηθεί ότι ασκεί εθνοκάθαρση είναι η Βοσνία και Ερζεγοβίνη. Κατά τη διάρκεια του πολέμου της Βοσνίας τη δεκαετία του 1990, οι Σερβοβόσνιοι πραγματοποίησαν εκστρατεία εθνοκάθαρσης εναντίον Βόσνιων Μουσουλμάνων και Κροατών. Αυτό περιελάμβανε την αναγκαστική εκδίωξη ανθρώπων από τα σπίτια τους, την καταστροφή περιουσίας και τη δολοφονία αμάχων. Το Διεθνές Ποινικό Δικαστήριο για την πρώην Γιουγκοσλαβία (ICTY) έχει καταδικάσει αρκετούς Σερβοβόσνιους για εγκλήματα πολέμου και εγκλήματα κατά της ανθρωπότητας για το ρόλο τους στην εκστρατεία εθνοκάθαρσης.