Η Βαλτική Θάλασσα έχει εξαιρετικά χαμηλή αλμυρότητα—μεταξύ των χαμηλότερων του κόσμου για θαλάσσιο σώμα. Μέση αλμυρότητα: 7–8 PSU (πρακτικές μονάδες αλμυρότητας) έναντι παγκόσμιας μέσης ωκεανοί ~35 PSU. Είναι μια αλμυρός μεσογειακός θάλασσα, όχι υψηλής αλμυρότητας.
Η κλίμακα αλμυρότητας οδηγεί μοναδική ζωναρίστρωση ειδών: θαλάσσια είδη (μπακαλιάρος, σαρδέλα) νοτιοδυτικά· γλυκά (γostí, περκιά) βορειά· αλμυρά ειδικά (πλατύψαρο, μύδι, Fucus vesiculosus) ενδιάμεσα. Χαμηλή ποικιλότητα αλλά υψηλή ενδημικότητα. Υποξία σε βυθίζοντες λεκάνες λόγω στράτιωσης + θρεπτικών φορτίων.
Θέρμανση μειώνει παγετώνα, αλλάζει στράτιωση, μπορεί να αυξήσει συχνότητα MBI—αλλά αυξάνει και την απορροή. Η Βαλτική είναι φρουρός σύστημα για αλλαγές παρακτιών ωκεανών.