Το Konfrontasi ξεκίνησε τον Δεκέμβριο του 1962, όταν οι ινδονησιακές δυνάμεις εξαπέλυσαν μια σειρά από επιδρομές σε μαλαισιανό έδαφος στο Βόρνεο. Τα ινδονησιακά στρατεύματα διείσδυσαν επίσης στο Sarawak και στη Sabah, όπου υποστήριξαν τους κομμουνιστές αντάρτες που πολεμούσαν για την ανεξαρτησία από τη Μαλαισία. Η σύγκρουση κλιμακώθηκε το 1963, όταν η Ινδονησία άρχισε να βομβαρδίζει αεροδρόμια και ναυτικές βάσεις της Μαλαισίας. Σε απάντηση, η Μαλαισία και το Ηνωμένο Βασίλειο εξαπέλυσαν μια σειρά αεροπορικών επιδρομών εναντίον στόχων της Ινδονησίας.
Η σύγκρουση έλαβε τέλος το 1966, μετά την ανατροπή του Σουκάρνο και την άνοδο του στρατηγού Σουχάρτο στην εξουσία στην Ινδονησία. Ο Σουχάρτο ήταν πιο ρεαλιστής από τον Σουκάρνο και προσπάθησε να βελτιώσει τις σχέσεις με τη Μαλαισία. Τον Αύγουστο του 1966, η Ινδονησία και η Μαλαισία υπέγραψαν συμφωνία για τον τερματισμό των εχθροπραξιών και την εξομάλυνση των σχέσεων.
Το Konfrontasi είχε σημαντικό αντίκτυπο στην περιοχή. Είχε ως αποτέλεσμα τον θάνατο χιλιάδων ανθρώπων και προκάλεσε εκτεταμένες ζημιές στις υποδομές. Η σύγκρουση προκάλεσε επίσης ένταση στις σχέσεις μεταξύ Ινδονησίας και Μαλαισίας και χρειάστηκαν πολλά χρόνια για να εξομαλυνθούν πλήρως οι σχέσεις των δύο χωρών.
