Ο ισπανικός κατακτήτης Ανδρέας ντε Ταπία θεωρείται ευρωπαϊκός ανακαλύπτης του Ελ Σαλβαδόρ, ηγούμενος αποστολής το 1524.
Μετά την κατάκτηση, το εδαφικό τμήμα γινόταν η Καπιτανία Γενική της Γουατεμάλας (εντός Βικερακείου Νέας Ισπανίας), με το Σαν Σαλβαδόρ ως κλειδί διοικητικό κέντρο. Η ανεξαρτησία ήρθε το 1821.
