Οι κοράλινες φάραγγες είναι μέρος ποικίλης οικοσυστημάτων και χρησιμεύουν ως biotope για ποικίλους οργανισμούς που εξαρτώνται από αυτές για φαγητό και στέγη. Προστατεύουν επίσης τις παραλιακές περιοχές από καταιγίδες και συμβάλλουν στις τοπικές οικονομίες μέσω τουρισμού, καθιστώντας τις ζωτικής σημασίας τόσο για τη θαλάσσια ζωή όσο και για τους οργανισμούς και ανθρώπους που εξαρτώνται από αυτές. Ωστόσο, φυσικοί και ανθρωπογενείς παράγοντες στρες μπορούν να βλάψουν και να καταστρέψουν τις φάραγγες, αρνητικά επηρεάζοντας τη ζωή που εξαρτάται από αυτές. Σύμφωνα με το NOAA, το 10% των κοράλινων φαράγγων είναι βλεμμένο α réparable, και άλλο 30% σε κρίσιμη κατάσταση αντιμετωπίζει την ίδια τύχη εντός 10-20 ετών.
Οι ανθρωπογενείς παράγοντες περιλαμβάνουν αναψυχικές δραστηριότητες και ρύπανση. Οι άνθρωποι προκαλούν φυσική βλάβη μέσω κινήσεων σκαφών ή αφή φωκίων κατά το snorkeling. Δύτες και αλιείς βλάπτουν τις φάραγγες όχι μόνο από υπεράλειψη αλλά και από φυσική βλάβη από μεθόδους αλιείας ή αμέλεια. Οι άνθρωποι βλάπτουν επίσης μέσω ρυπαίνουσας αποστρώσεων από γεωργία, αποχετεύσεις και βιομηχανικές δραστηριότητες. Τέτοια ρύπανση αυξάνει τα θρεπτικά συστατικά στο νερό, οδηγώντας σε ανάπτυξη φύκων και άλλων οργανισμών που μπορεί να φtyjνουν ή να ανταγωνίζονται τις φάραγγες για χώρο. Αυτοί οι στρες επιδεινώνουν τη βλάβη από καταιγίδες και άλλους φυσικούς στρες και κάνουν τις φάραγγες ευάλωτες σε ασθένειες και λεύκανση.
Σοβαρές καταιγίδες, όπως υραганοί, μπορούν να ενervουν τις φάραγγες, κλονίζοντάς τες ευάλωτες σε άλλους στρες. Ωστόσο, συνήθως ανακαμψουν και μπορεί να ωφεληθούν από φυσικά φαινόμενα. Άλλοι φυσικοί παράγοντες, όπως η κλιματική αλλαγή, απειλούν περισσότερο. Οι φάραγγες απαιτούν συγκεκριμένες συνθήκες, συμπεριλαμβανομένης συγκεκριμένης θερμοκρασίας νερού. Αναπτύσσονται καλύτερα στα 23-29°C. Οι τάση θέρμανσης από κλιματική αλλαγή αυξάνουν τη θερμοκρασία θαλάσσης, δημιουργώντας περιβάλλον μη κατάλληλο για τις φάραγγες. Χαμηλές υδατιές, άλλος φυσικός στρες, μπορούν να βλάψουν φάραγγες σε ρηχά νερά αν εμφανίζονται συχνά την ημέρα. Η υπερέκθεση σε UV ακτινοβολία προκαλεί υπερθέρμανση και ξηρασία. Άλλοι φυσικοί παράγοντες περιλαμβάνουν μακροχρόνια έκθεση σε κρύο, El Niño και_predators των φαράγγων.
Η λεύκανση είναι αποτέλεσμα φυσικών στρες και μια από τις σοβαρότερες απειλές. Οι φάραγγες βασίζονται σε μικροσκοπικές φύκους zooxanthellae, που ζουν στα ιστούς τους σε συμβιωτική σχέση, για την περισσότερη ενέργεια και θρεπτικά. Όταν στρεσάρουν από αλλαγές στο περιβάλλον, απορρίπτουν τις zooxanthellae, γίνοντας λευκές. Συμβαίνει περισσότερο όταν η θερμοκρασία νερού αυξάνεται αλλά μπορεί να προκύψει από ασθένειες ή ρύπανση. Αν και μπορούν να πεθάνουν, μερικές επιβιώνουν. Μπορεί να χρειαστούν χρόνια ή δεκαετίες για ανάκαμψη, και η λεύκανση τις αφήνει ευάλωτες σε ασθένειες ή βλάβη από άλλους στρες. Η σοβαρότερη παγκόσμια μαζική λεύканση συνέβη το 1998 και ξανά το 2002, καταστρέφοντας το 16% των φαράγγων του κόσμου, συμπεριλαμβανομένων φαράγγων της Μεγάλης Φάραγγας.
