Ο ποταμός Mersey δεν ρέει μέσω της Μάνχεστερ. Σχηματίζεται στη σύρραξη του ποταμού Goyt και του ποταμού Tame κοντά στο Stockport, στη συνέχεια ρέει δυτικά μέσω της νότιας Greater Manchester και Cheshire. Διασχίζει τις πόλεις Warrington, Widnes, και Runcorn πριν πλατυνθεί σε ευρεία εκβολή μεταξύ Λίβερπουλ (βόρειος όχθη) και Birkenhead/Wallasey (νότιος όχθης) στη χερσόνησο Wirral, τελικά μπαίνοντας στο Liverpool Bay στο Ιρλανδικό Πέλαγος. Το Τσέστερ βρίσκεται στον ποταμό Dee, ένα ξεχωριστό σύστημα. Οι κύριοι ποταμοί της Μάνχεστερ είναι οι Irwell, Medlock, και Irk, οι οποίοι συναντούν τη λεκάνη Mersey μέσω του Manchester Ship Canal—αλλά ο ίδιος ο Mersey παρακάμπτει το κέντρο της πόλης. Η σύγχυση μπορεί να προκύψει από την εκτεταμένη περιοχή λεκάνης του Mersey, η οποία περιλαμβάνει μέρη της Greater Manchester.
