Ο μεγαλύτερος ποταμός που διέρχεται από την Ινδιάνα είναι ο Οχάιο, ο οποίος τρέχει παράλληλα με το νότιο σύνορο της πολιτείας. Αυτός ο ποταμός 981 μιλίων είναι ο μεγαλύτερος υποποταμός του Μισισιπί. Ο Οχάιος έχει επίσης τους δικούς του υποποταμούς, όπως ο Γουαμπάς, ο Άντερσον και ο Γουάιτγουότερ. Ο Γουαμπάς, επίσημος ποταμός της πολιτείας, είναι ο μεγαλύτερος εσωτερικός ποταμός με 491 μίλια. Η βόρεια Ινδιάνα φιλοξενεί τον Μαουμί, ο οποίος ξεκινά από το Φορτ Γουέιν και φτάνει στην Έριε κοντά στο Τόλεδο, Οχάιο. Μερικοί ποταμοί της Ινδιάνας έχουν δάσος στη Λίμνη Μισσigan, όπως ο Σεν Τζοζεφ, ο Γαλενα και ο Γκραν Καλουμέτ.
Η μεγαλύτερη λίμνη στην Ινδιάνα είναι η Λίμνη Monroe στις 10.750 εκτάρια. Η Λίμνη Monroe βρίσκεται μέσα σε 30 λεπτά από το Bloomington, σπίτι του Πανεπιστημίου Ινδιάνας. Αυτή η λίμνη περιβάλλεται επίσης από το Brown County State Park των 13.000 εκτάρων. Άλλες μεγάλες τεχνητές λίμνες περιλαμβάνουν την 8.800-ακριαία Πάτοκα Λίμνη στο Hoosier National Forest και τη Λίμνη Mississenewa – 3.180 εκτάρια νερό στη βορειοκεντρική Ινδιάνα. Οι Λίμνες Freeman και Shafer είναι δύο τεχνητές λίμνες συνδεδεμένες μεταξύ τους στη βόρεια Ινδιάνα· αυτές οι δύο λίμνες φιλοξενούν το Indiana Beach, έναν τουριστικό προορισμό.
Με 3.500 εκτάρια, η μεγαλύτερη φυσική λίμνη στην Ινδιάνα είναι η Λίμνη Wawasee, που βρίσκεται στη βορειοκεντρική Ινδιάνα κοντά στην πόλη Συρακούσες. Άλλες đáng Σημείωσης φυσικές λίμνες είναι η 1.229-ακριαία Λίμνη James, η 585-ακριαία Webster Lake και η 880-ακριαία Tippecanoe Lake. Η Λίμνη Tippecanoe είναι η βαθύτερη φυσική λίμνη της Ινδιάνας με μέγιστο βάθος 123 ποδιών. Σχεδόν όλες οι μεγάλες φυσικές λίμνες της Ινδιάνας βρίσκονται στο βόρειο μέρος της πολιτείας. Σύμφωνα με το Πανεπιστήμιο Ινδιάνας, οι φυσικές λίμνες της Ινδιάνας σχηματίστηκαν από τη χιονισμένη παγετώνα που καταλήγει σε βαθιές κοιλότητες του τοπίου της πολιτείας.
Μερικά από το βορειοδυτικό σύνορο της Ινδιάνας βρίσκονται στους ακτές της Λίμνης Μισσigan, τη τρίτη μεγαλύτερη από τις Grandes Λίμνες. Η Λίμνη Μισσigan είναι επίσης η έκτη μεγαλύτερη γλυκύ νερό λίμνη στον κόσμο, με συνολική επιφάνεια νερού 22.300 τετραγωνικών μιλίων. Το μεγαλύτερο μέρος της βορειοδυτικής ακτής της Ινδιάνας στη Λίμνη Μισσigan είναι μέρος του Indiana Dunes National Lakeshore, το οποίο λειτουργεί ως καταφύγιο άγριας ζωής. Δύο πόλεις της Ινδιάνας, το Γκέρι και το Μισσigan City, είναι υδατοfrond Städten στη Λίμνη Μισσigan.
