Κατά την πρώτη του ταξιδιωτική (1768–1771), ο Υπολοχαγός Τζέιμς Κουκ χάρτησε την ανατολική ακτή της Αυστραλίας, ισχυριζόμενος την υπέρ της Βρετανίας. Οι σύντομες αναχωρήσεις του εισήγαγαν στοιχεία που θα μεταμόρφωναν βαθύτατα — συχνά καταστροφικά — την ήπειρο.
Το πλήρωμα του Κουκ μεταφέρε βιολέντια, μολυσμούς, γρίπη, φυματίωση, λοιμώδεις ασθένειες. Χωρίς ανοσία, οι ιθαγενείς πληθυσμοί υπέφεραν καταστροφικές επιδημίες. Η έκρηξη βιολέντιας 1789 γύρω από το Sydney Cove (πιθανώς από το Πρώτο Στόλο, όχι άμεσα από Κουκ) σκότωσε εκτιμώμενα 50–90% των τοπικών Eora/Darug.
Ο Κουκ εισήγαγε βόεια, πρόβατα, χοίρους, κατσίκια, πουλερικά — προορισμένα ως πηγές τροφής για μελλοντικές εγκαταστάσεις. Αυτά έγινσαν η βάση της αυστραλίας κτηνοτροφικής βιομηχανίας αλλά προκάλεσαν οικολογική καταστροφή: υπερβόσκηση, συμπίεση εδάφους, μετατόπιση ιθαγενών χορτοφάγων, και διαδομή εισβλητικών χόρτων.
Οι βотανικοί του Κουκ (Τζόζεφ Μπάνκς, Ντάνιελ Σολάνδερ) συλλέξανε χιλιάδες δείγματα. Επίσης φύτευσαν σῖτο, καλαμπόκι, πατάτες, εσπεριδοειδή, αμπέλους, λαχανικά κήπου στο Botany Bay — δοκιμάζοντας βιωσιμότητα για κολωνία. Πολλά έγιναν εισβλητά βότανα.
Το ταξίδι του Κουκ ήταν το ανοιχτό στέλεχος της κολωνιοποίησης. Οι βιολογικές και τεχνολογικές ανταλλαγές που ξεκίνησε — ειδικά ασθένειες και ζωικό κεφάλαιο — επιπέτρωσαν την πτώση των ιθαγενών κοινωνιών και οικοσυστημάτων, επιτρέποντας την βρετανική κτηνοτροφική επέκταση. Οι Αβοριγινείς Αυστραλοί βλέπουν τον Κουκ ως τον προήγουρο της αποκλήρωσης.
