1. Τοποθεσία: Η αποστολή βρισκόταν σε μια απομακρυσμένη περιοχή, μακριά από μεγάλους οικισμούς και οδούς ανεφοδιασμού. Αυτό κατέστησε δύσκολη τη μεταφορά αγαθών και προμηθειών στην αποστολή και επίσης αύξησε τον κίνδυνο επιθέσεων από ομάδες ιθαγενών Αμερικανών.
2. Λειψία νερού: Η αποστολή βρισκόταν σε μια ημίξηρη περιοχή και το νερό ήταν σπάνιο. Αυτό κατέστησε δύσκολη την καλλιέργεια των καλλιεργειών και τη διατήρηση του πληθυσμού της αποστολής.
3. Ασθένεια: Η αποστολή επηρεαζόταν συχνά από επιδημίες ασθενειών όπως η ευλογιά και η ιλαρά, που αποδεκάτισαν τον πληθυσμό των ιθαγενών της Αμερικής και δυσκόλεψαν την αποστολή να διατηρήσει εργατικό δυναμικό.
4. Αντίσταση ιθαγενών Αμερικανών: Οι ιθαγενείς αμερικανικές ομάδες στην περιοχή ήταν αρχικά αντίθετες στις προσπάθειες της αποστολής να τους προσηλυτίσει στον Χριστιανισμό και να επιβάλει τον ισπανικό έλεγχο στα εδάφη τους. Αυτό οδήγησε σε συγκρούσεις και εξεγέρσεις, που εμπόδισαν περαιτέρω την πρόοδο της αποστολής.
5. Ισπανική κακοδιαχείριση: Συχνά η διαχείριση της αποστολής ήταν κακή από τις ισπανικές αρχές, οι οποίες συχνά διόριζαν διεφθαρμένους ή ανίκανους διαχειριστές. Αυτό οδήγησε σε οικονομικά προβλήματα και κακή διαχείριση των πόρων, που αποδυνάμωσαν περαιτέρω την αποστολή.
6. Εκκοσμίκευση: Το 1834, η μεξικανική κυβέρνηση ψήφισε νόμο που εκκοσμίκευε τις αποστολές στην Καλιφόρνια, πράγμα που σήμαινε ότι τους αφαιρέθηκαν τα εδάφη και τα περιουσιακά τους στοιχεία. Αυτό είχε καταστροφικές επιπτώσεις στην αποστολή San Miguel Arcangel, η οποία έχασε την οικονομική της βάση και τελικά εγκαταλείφθηκε.
