Μετά την κορυφή του ως σταθμός μεταναστευτών τελείωσε το 1924, το Ellis Island ανέλαβε νέα ρόλους κατά τη Δεύτερη Παγκόσμια Πόλεμο. Το νησί 27 acres στο λιμάνι της Νέας Υόρκης έγινε πολυχορηγητικό στρατιωτικό και ανθρωπιστικό κέντρο.
Μετά την Πέρλ Χάρμπορ, η αμερικανική κυβέρνηση κράτησε χιλιάδες Γερμανούς, Ιταλούς, και Ιάπωνες εθνικούς—και κάποιους αμερικανικούς πολίτες—که θεωρούνται πιθανοί κίνδυνοι ασφαλείας. Η υπάρχουσα υποδομή του Ellis Island το έκανε πρωτεύον σημείο κράτησης. Στην κορυφή του, πάνω από 1.000 κρατούμενοι στεγάζονταν εκεί, κάποιοι για χρόνια, αναμένοντας ακροάσεις ή απεκτοπισμό.
Το Αμερικανικό Ακτοφυλακή θεμελίωσε ένα σημαντικό σταθμό εκπαίδευσης στο νησί, χρησιμοποιώντας τα κτίρια του για αίθουσες, στρατώνα, και διοίκηση. Πάνω από 60.000 ακτωφύλακες εκπαιδεύθηκαν εκεί κατά τον πόλεμο, μαθαίνοντας λιμενική ασφάλεια, αντιπεριπολικές τακτικές, και ναυτική νομοθεσία.
Ο νοσοκομιαίος συγκρότημα 27 κτιρίων του νησιού, αρχικά χτισμένος για ιατρικούς ελέγχους μεταναστών, επεκτείνθηκε για να θεραπεύσει τραυματισμένους και άρρωστους στρατιωτικούς. Η πλησιέστερη του θέση στα λιμάνια της Νέας Υόρκης το έκανε βολικό σημείο μεταφοράς για θύματα που έφταναν σε νοσοκομειακά πλοία.
Όσο ο πόλεμος διώχνει εκατομμύρια στην Ευρώπη, το Ellis Island διευθέτησε πρόσφυγες που χάρηκαν είσοδο υπό ειδικά όρια. Το κέντρο διαχειρίστηκε τεκμηρίωση, ιατρικά σακκίζοντα, και αρχική συντονισμό αναγκαίας εγκατάστασης για εκείνους που έφυγαν από καταδίωξη.
Μετά το 1945, οι λειτουργίες κράτησης και εκπαίδευσης εξαθλίωσαν. Η Ακτοφυλακή εγκαταλείπει το 1946. Το νοσοκομείο συνέχισε να εξυπηρετεί βετεράνο μέχρι το 1951. Το νησί βυθίστηκε σε αδιαφορία μέχρι την αποκατάστασή του τη δεκαετία του 1980 ως Εθνικό Μουσείο Μεταναστευτών Ellis Island.
Η υπηρεσία του Ellis Island στον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο αντανακλά την προσαρμοστικότητα της αμερικανικής υποδομής στην κρίση—μετατρέποντας μια πύλη για νέους σε ασπίδα για την χώρα και καταφύγιο για τους καταδιωκόμενους.
