Οι περιοχές που διασχίζονται από τα ανώτερα τμήματα του ποταμού Νείλου έχουν τροπικό/υποτροπικό κλίμα. Οι ισημερινές περιοχές αντιμετωπίζουν γενικά μια περίοδο βροχών από τον Μάρτιο έως τον Μάιο και μια δεύτερη περίοδο βροχών από τον Οκτώβριο έως τον Νοέμβριο. Το υπόλοιπο του έτους αποτελείται από μια ξηρή περίοδο από τον Δεκέμβριο έως τον Φεβρουάριο και μια σχετικά ξηρή περίοδο από τον Ιούνιο έως τον Σεπτέμβριο. Οι περιοχές γύρω από τις όχθες του ποταμού είναι γενικά πολύ πιο δροσερές και λιγότερο άνυδρες από τις γύρω σαβάνες.
Βόρεια Αφρική (Αίγυπτος, Σουδάν, Ερυθραία)
Το κλίμα στα βόρεια μέρη του Νείλου αποτελείται κυρίως από ένα μακρύ ζεστό καλοκαίρι και έναν σύντομο ήπιο χειμώνα, με βροχοπτώσεις κυρίως το χειμώνα. Ως αποτέλεσμα, το μεγαλύτερο μέρος της περιοχής που διασχίζει ο Νείλος θεωρείται έρημος λόγω των άνυδρων συνθηκών.
Αιθιοπία (Άνω Γαλάζιος Νείλος)
Ως πηγή του Νείλου, η Αιθιοπία βιώνει δύο διαφορετικούς τύπους κλιματικών καθεστώτων:το κλίμα της τροπικής σαβάνας στα δυτικά και το τροπικό κλίμα των μουσώνων στα νότια και τα ανατολικά. Η χώρα έχει μια περίοδο βροχών από τον Μάιο έως τον Σεπτέμβριο.
