Ο ποταμός Μισισιπί δεν έχει κροκοδείλους. Είναι σπίτι του Αμερικανικού αλιγάτορ (Alligator mississippiensis), ενός μεγάλου υγροτοπικού ερπετόζωου αυτοχθόνου στη νότια Αμερική. Τα αλιγάτορ είναι συνηθισμένα στα κατώτερα τμήματα του ποταμού (Λουιζιάνα, Μισισιπί), καθώς και στα παραλειπόμενα βάλτοι, λιμνίδες, λίμνες και γιολού. Διαφέρουν από τους κροκοδείλους λόγω της ευρύτερης, σχήματος Υ ρύγχους, σκοτεινότερου χρώματος και προτίμησης για γλυκό νερό. Οι κροκοδείλοι (αμερικανικός κροκοδείλος) βρίσκονται μόνο στις παρακτιώδεις αλυκές/αλμυρές ζώνες της νότιας Φλόριντας, όχι στον ίδιο τον ποταμό Μισισιπί.
