Η τοποθεσία για την αποστολή San Fernando επιλέχθηκε για διάφορους λόγους. Πρώτον, η περιοχή φιλοξενούσε έναν μεγάλο πληθυσμό ιθαγενών Αμερικανών, οι οποίοι ήταν πιθανοί προσήλυτοι στον Χριστιανισμό. Δεύτερον, η περιοχή ήταν εύφορη και καλά ποτισμένη, γεγονός που την καθιστούσε ιδανική για καλλιέργεια. Τρίτον, η τοποθεσία ήταν στρατηγικής σημασίας, καθώς βρισκόταν κατά μήκος του El Camino Real, του κεντρικού δρόμου μεταξύ των ισπανικών αποστολών στην Καλιφόρνια.
