Για περισσότερους από τρεις αιώνας, η Πορτογαλία κράτησε σφιχτή λαβή στη Βραζιλία μέσω ενός εξελιγμένου συστήματος οικονομικής, πολιτικής και πολιτιστικής κυριαρχίας. Η κατανόηση αυτής της κολονιακής δομής αποκαλύπτει πώς οι ευρωπαϊκές δυνάμεις εξάγουν πλούτο ενώ διαμορφώνουν τα θεμέλια της σύγχρονης βραζιλιανής κοινωνίας.
Η Πορτογαλία επιβάλει ένα σκληρό μονοκαλλιεργητικό οικονομικό μοντέλο, εστιάζοντας την κολονιακή παραγωγή στη σακχαρώδη καλάμι—ένα εξαιρετικά κερδοφόρο εξαγωγικό καλλιεργούμενο. Αυτό έκανε την Βραζιλία επικίνδυνα εξαρτημένη από τις παγκόσμιες τιμές της σακχάρης και απέτρεψε την οικονομική διαφοροποίηση. Συμπληρώνοντας αυτό ήταν η μερκαντιλιστική πολιτική: η Βραζιλία μπορούσε να εμπορεύεται μόνο με την Πορτογαλία, εξασφαλίζοντας δεσμευμένη αγορά για τα πορτογαλικά βιομηχανικά αγαθά και σταθερή ροή ωμών υλών στη μητρόπολη. Το τοπικό βιομηχανικό τομέας καταδυναστευόταν ενεργητικά για τη διατήρηση αυτής της εξάρτησης.
Η κολονία διευθυνόταν από έναν βασιλικό κυβερνήτη-γενικό που διορίζονταν από τον πορτογαλικό βασιλιά, κατέχοντας εκτενείς διοικητικές, δικαστικές και στρατιωτικές εξουσίες. Ένα δίκτυο δημοτικών συμβουλίων (câmaras municipais) παρείχε τοπική διακυβέρνηση αλλά παρέμενε υποταγμένο στην κορώνα. Η γη διανέμονταν μέσω σεσμάριας—τεράστιες χορήγησεις σε πορτογαλικούς αποίκους—που συγκέντρωναν την εξουσία στα χέρια μιας γεωχικού ελίτ και διευκόλυναν την εκμετάλλευση των ιθαγενών λαών και των σκλάβων Αφρικανών.
Ο Καθολικισμός επιβλήθηκε ως κράτος θρησκεία, με τάξεις όπως οι Ιησουίτες και Φραγκισκάνες να ηγούνται των προσπαθειών προσήλυσης. Η πίστη ενίσχυε τις κοινωνικές ιεραρχίες και αποθάρρυνε την αντιρρητική φωνή. Η Πορτογαλική Ιερευσία, καθιερωμένη στη Βραζιλία το 1591, παρέπιε την θρησκευτική ορθοδοξία, στοχεύοντας Εβραίους, Πρωτεστάντες και άλλους. Η Γλώσσα ήταν ένα άλλο εργαλείο: τα πορτογαλικά έγιναν η μόνη επίσημη γλώσσα, περιθωριοποιώντας τις ιθαγενείς γλώσσες και σφραγίζοντας μια ενιαία κολονιακή ταυτότητα που τελικά εξελίχθηκε σε διακριτή βραζιλιανή εθνική κουλτούρα—ένα συνκρητικό μίγμα ευρωπαϊκών, αφρικανικών και ιθαγενών παραδόσεων.
Αυτό το πολύπλευρο σύστημα ελέγχου εξάγαγε τεράστιο πλούτο για την Πορτογαλία ενώ ρίχνε τα θεμέλια για τις διαμείνουσες κοινωνικές ανισότητες και την πολιτιστική πλούσια της Βραζιλίας.
