Συνοριακές διαφορές :Το πιο σημαντικό θέμα είναι η διαμάχη για τον κόλπο του Πιράν στην Αδριατική Θάλασσα. Ενώ η Σλοβενία θέλει πρόσβαση στα διεθνή ύδατα, η Κροατία διεκδικεί το μεγαλύτερο μέρος του κόλπου. Αυτή η διαμάχη συνεχίζεται από τη διάλυση της Γιουγκοσλαβίας και έχει οδηγήσει σε περιστασιακές εντάσεις.
Ναυτιλιακή διαφορά :Συνδεδεμένη με τον κόλπο του Πιράν, η Σλοβενία ισχυρίζεται ότι η Κροατία εμποδίζει την πρόσβασή της στην ανοιχτή θάλασσα ελέγχοντας κοντινά λιμάνια και διεκδικώντας χωρικά ύδατα που καταπατούν την πιθανή πρόσβαση της Σλοβενίας.
Διαφωνία οριοθέτησης :Η Σλοβενία και η Κροατία δεν έχουν ακόμη οριοθετήσει πλήρως τα κοινά τους σύνορα, γεγονός που έχει αυξήσει την ένταση στις σχέσεις.
Πολιτικές διαφορές:Η Σλοβενία και η Κροατία συχνά επιδιώκουν διαφορετικούς πολιτικούς προσανατολισμούς και δεσμεύσεις εντός της Ευρωπαϊκής Ένωσης (ΕΕ). Η Σλοβενία είναι γενικά πιο φιλοευρωπαϊκή και έχει εκφράσει την υποστήριξή της για στενότερη ολοκλήρωση, ενώ η Κροατία είχε πιο τεταμένες σχέσεις με την ΕΕ, ιδιαίτερα όταν πρόκειται για ζητήματα ελέγχου των συνόρων.
Ιστορικές διαφωνίες :Ιστορικά παράπονα και διαφορετικές αφηγήσεις σχετικά με τον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο εξακολουθούν να επηρεάζουν τις σημερινές σχέσεις. Οι δύο χώρες διαφωνούν για την ερμηνεία των γεγονότων κατά τη διάρκεια της εποχής, οδηγώντας σε κατά καιρούς φορτισμένη ρητορική.
Παρά τις προκλήσεις, τόσο η Σλοβενία όσο και η Κροατία έχουν δεσμευτεί να διατηρήσουν διπλωματικές σχέσεις και να βρουν ειρηνική επίλυση των διαφορών τους μέσω των μηχανισμών που είναι διαθέσιμοι σε διεθνείς οργανισμούς όπως τα Ηνωμένα Έθνη και η Ευρωπαϊκή Ένωση. Με την πάροδο των ετών, έγιναν προσπάθειες για τη βελτίωση των διμερών σχέσεων και συνεργασίας, όπως κοινά πολιτιστικά έργα και συναντήσεις υψηλού επιπέδου, αλλά η σημαντική πρόοδος ήταν άπιαστη. Η επίλυση αυτών των διαφορών και η βελτίωση των σχέσεων παραμένουν σημαντικοί μακροπρόθεσμοι στόχοι και για τα δύο έθνη.
