Η Μισιόν Σαν Χουάν Βαπτίστα ιδρύθηκε 24 Ιουνίου 1797 από τον φραγκισκάνιο ιεραπόστολο Φερμίν Λασουέν (που ίδρυσε επίσης τη Μισιόν Σάντα Κλάρα και τη Μισιόν Σαν Φρανσίσκο ντε Ασίς). Ονομάστηκε για τον Ιωάννη τον Βαπτιστή, προστάτη αγίου της Καλιφόρνιας. Η φυσική κατασκευή πραγματοποιήθηκε από αυτοχθόνους λαούς των Κοστανοάν και Γιόκουτ φυλών, που αναγκάστηκαν να εργαστούν υπό το ισπανικό σύστημα μισιόν.
