1. Εκκλησία (Iglesia): Η καρδιά του συγκροτήματος της ιεραποστολής είναι η εκκλησία, όπου τελούνταν θρησκευτικές λειτουργίες. Η εκκλησία στο Mission San Juan Bautista διαθέτει πλίθινα τοιχώματα, κεραμοσκεπή και ένα χαρακτηριστικό τοξωτό καμπαναριό. Περιέχει τον κύριο βωμό, τον άμβωνα, το αγαλματίδιο και άλλα θρησκευτικά αντικείμενα.
2. Cuarto de Indios (Ιθαγενείς Αμερικάνικες συνοικίες): Αυτή η περιοχή στέγαζε τους ιθαγενείς αμερικανούς προσήλυτους που ζούσαν και εργάζονταν στην ιεραποστολή. Συνήθως αποτελούνταν από μεγάλα κτίρια που έμοιαζαν με στρατώνες όπου κοιμόντουσαν, έτρωγαν και μαζεύονταν οι ιθαγενείς της Αμερικής.
3. Μοναστήρι (Κονβέντο): Το μοναστήρι ήταν ο χώρος διαβίωσης των Φραγκισκανών μοναχών που διοικούσαν την αποστολή. Συνήθως περιλάμβανε μεμονωμένα κελιά για τους μοναχούς, καθώς και κουζίνα, βιβλιοθήκη και άλλους κοινόχρηστους χώρους.
4. Εργαστήριο αποστολής (Ψηλότερο): Το εργαστήριο της αποστολής ήταν όπου ασκούνταν διάφορες τέχνες και επαγγέλματα από τους ιθαγενείς της Αμερικής υπό την καθοδήγηση των μοναχών. Θα μπορούσε να περιλαμβάνει χώρους για ξυλουργική, σιδηρουργία, υφαντουργία και άλλες δραστηριότητες.
5. Σιταποθήκη (Granero): Ο σιτοβολώνας χρησιμοποιήθηκε για την αποθήκευση σιτηρών και άλλων προμηθειών τροφίμων που παράγονται από τις γεωργικές δραστηριότητες της αποστολής. Ήταν μια ουσιαστική δομή για τη διασφάλιση της αυτάρκειας της αποστολής.
6. Κουζίνα (Cocina): Η κουζίνα της αποστολής ήταν όπου παρασκευάζονταν φαγητό για τους μοναχούς και τους ιθαγενείς κατοίκους της Αμερικής. Είχε συνήθως μεγάλο τζάκι ή φούρνο, καθώς και αποθηκευτικούς χώρους για φαγητό και μαγειρικά σκεύη.
7. Κήποι και περιβόλια (Huerta y Huerto de Árboles Frutales): Πολλές αποστολές, συμπεριλαμβανομένου του Mission San Juan Bautista, είχαν κήπους και περιβόλια όπου καλλιεργούσαν μια ποικιλία από λαχανικά, φρούτα και βότανα. Αυτές οι καλλιέργειες παρείχαν τροφή στην κοινότητα της ιεραποστολής και μπορούσαν επίσης να εμπορευθούν ή να πωληθούν.
8. Μαντριά ζώων (Μαντρί): Η αποστολή διατηρούσε ζώα όπως βοοειδή, πρόβατα και άλογα. Τα μαντριά ζώων χρησιμοποιήθηκαν για τη στέγαση και τη διαχείριση αυτών των ζώων, τα οποία ήταν σημαντικά για την παροχή τροφής, μεταφοράς και άλλων πόρων.
Αυτά τα διαφορετικά μέρη της αποστολής σχημάτισαν μια αυτόνομη κοινότητα όπου οι μοναχοί εργάζονταν για να προσηλυτίσουν και να εκπαιδεύσουν τους ιθαγενείς Αμερικανούς ενώ συντηρούνταν μέσω της γεωργίας και των διαφόρων οικονομικών δραστηριοτήτων.
