Τα Ισπανικά έφτασε στην περιοχή San Rafael στα τέλη του 18ου αιώνα και ίδρυσε την Mission San Rafael Arcangel το 1775. Η αποστολή χρησιμοποιήθηκε για να προσηλυτίσει τους Ohlone σε καθολικισμό και να τους διδάξει ευρωπαϊκούς τρόπους ζωής. Οι Ισπανοί εισήγαγαν επίσης νέες ασθένειες στην περιοχή, οι οποίες αποδεκάτισαν τον πληθυσμό του Ohlone.
Οι Μεξικανοί απέκτησε τον έλεγχο της Καλιφόρνια το 1821, αφού το Μεξικό κέρδισε την ανεξαρτησία του από την Ισπανία. Οι Μεξικανοί συνέχισαν να χρησιμοποιούν το Mission San Rafael Arcangel, αλλά άρχισαν επίσης να εκκοσμικεύουν τα εδάφη της ιεραποστολής. Αυτή η διαδικασία οδήγησε στον εκτοπισμό πολλών ανθρώπων της Ohlone και στην απώλεια του παραδοσιακού τρόπου ζωής τους.
Οι Αμερικανοί ανέλαβε τον έλεγχο της Καλιφόρνια το 1848, αφού οι Ηνωμένες Πολιτείες κέρδισαν τον Μεξικανο-Αμερικανικό Πόλεμο. Οι Αμερικανοί συνέχισαν να εκκοσμικεύουν τα ιεραποστολικά εδάφη και άρχισαν επίσης να αναπτύσσουν την περιοχή για γεωργία και άλλους σκοπούς. Αυτή η διαδικασία οδήγησε σε περαιτέρω εκτοπισμό των κατοίκων της Ohlone και στην καταστροφή πολλών πολιτιστικών τοποθεσιών τους.
Σήμερα, υπάρχουν πολύ λίγοι άνθρωποι της Ohlone που ζουν στην περιοχή San Rafael Arcangel. Ωστόσο, η κληρονομιά τους είναι ακόμα ορατή στα τοπωνύμια και τις πολιτιστικές παραδόσεις της περιοχής.
