Το Mission San Jose βρίσκεται σε μια σεισμικά ενεργή περιοχή. Το ρήγμα Hayward, το οποίο εκτείνεται κατά μήκος της ανατολικής πλευράς της περιοχής του κόλπου του Σαν Φρανσίσκο, είναι ικανό να προκαλέσει σεισμούς μεγέθους 7 Ρίχτερ και άνω. Ο σεισμός του 1989 στη Λόμα Πριέτα προκάλεσε σημαντικές ζημιές στην Ιεραποστολή Σαν Χοσέ, συμπεριλαμβανομένης της κατάρρευσης του καμπαναριού της εκκλησίας.
Πλημμύρες
Το Mission San Jose είναι επίσης ευάλωτο στις πλημμύρες. Ο κολπίσκος Alameda, που εκτείνεται κατά μήκος της δυτικής πλευράς της πόλης, έχει πλημμυρίσει αρκετές φορές στο παρελθόν, μεταξύ των οποίων το 1982 και το 1998. Οι πλημμύρες προκάλεσαν εκτεταμένες ζημιές σε σπίτια και επιχειρήσεις στο Mission San Jose.
Πυρκαγιές
Η αποστολή Σαν Χοσέ κινδυνεύει επίσης από πυρκαγιές. Η πόλη βρίσκεται σε μια περιοχή επιρρεπής στις πυρκαγιές και το ξηρό κλίμα και οι ισχυροί άνεμοι μπορούν να δημιουργήσουν συνθήκες που είναι ώριμες για πυρκαγιές. Το 1991, η καταιγίδα του Όκλαντ Χιλς κατέστρεψε πάνω από 3.000 σπίτια στο Όκλαντ Χιλς, λίγα μόλις μίλια από την Αποστολή Σαν Χοσέ.
Άλλες φυσικές καταστροφές
Εκτός από τους σεισμούς, τις πλημμύρες και τις πυρκαγιές, η Mission San Jose είναι επίσης ευάλωτη σε άλλες φυσικές καταστροφές, όπως κατολισθήσεις, λασποβολίδες και ξηρασίες. Αυτές οι φυσικές καταστροφές μπορούν να προκαλέσουν σημαντικές ζημιές σε περιουσίες και υποδομές και μπορούν επίσης να οδηγήσουν σε απώλεια ζωών.
