Το όνομα Santa Cruz (Ισπανικά για "Ιερός Σταυρός") χορηγήθηκε από τον ισπανικό εξερευνητή Juan Rodríguez Cabrillo στις 17 Οκτωβρίου 1542. Πλεύοντας παράλληλα στην ακτή της Καλιφόρνιας, ο Cabrillo μπήκε στον όρμο την καθολική γιορτή της Ύψωσης του Ιερού Σταυρού (14 Σεπτεμβρίου σύμφωνα με το σύγχρονο ημερολόγιο· η ημερομηνία διαφέρει στο 16ο αιώνα). Ακολουθώντας την παράδοση της ονομασίας γεωγραφικών χαρακτηριστικών μετά την γιορτή του αγίου της ανακάλυψης, του χρίστιανε τον όρμο Bahía de Santa Cruz. Το όνομα επεκτάθηκε αργότερα στη μισιόν (Mission Santa Cruz, ιδρυθείσα το 1791), την πόλη και την επαρχία.
