Από νωρίς, η πολιτική δομή της αποικίας περιελάμβανε δύο ξεχωριστά όργανα:τη Γενική Συνέλευση και το Συμβούλιο του Διοικητή. Η Γενική Συνέλευση ήταν ένα αντιπροσωπευτικό σώμα που περιλάμβανε εκλεγμένα μέλη από κάθε μια από τις κομητείες της αποικίας. Το συμβούλιο του κυβερνήτη, που διορίστηκε από τους ιδιοκτήτες, λειτουργούσε ως συμβουλευτικό όργανο στον κυβερνήτη.
Καθώς προέκυψαν συγκρούσεις μεταξύ των ιδιοκτητών και των εποίκων, η αποικία μεταφέρθηκε σταδιακά προς ένα πιο δημοκρατικό σύστημα. Οι ιδιοκτήτες τελικά παραιτήθηκαν από τον έλεγχό τους και το Νιου Τζέρσεϋ έγινε βασιλική αποικία το 1702, ακριβώς κάτω από την εξουσία του βρετανικού στέμματος.
Στην τελική του μορφή, η κυβέρνηση Colonial New Jersey αποτελείται από τον κυβερνήτη που διορίστηκε από το Crown, ένα συμβούλιο του κυβερνήτη 24 μελών (μερικώς εκλεγμένο, μερικώς διορισμένο από τον κυβερνήτη) και μια γενική συνέλευση που αποτελείται από εκλεγμένους εκπροσώπους από διάφορες πόλεις και δήμους. Η Γενική Συνέλευση άσκησε νομοθετικές εξουσίες, θέσπισε νόμους και είχε την εξουσία να εγκρίνει τις υποψηφιότητες και τις δαπάνες του κυβερνήτη.
Αξίζει να σημειωθεί ότι η πολιτική εκπροσώπηση στο Νιου Τζέρσεϋ, όπως και σε άλλες βρετανικές αποικίες, δεν ήταν καθολική και απέκλεισε ορισμένες ομάδες πληθυσμού, όπως οι γυναίκες, οι υποδουλωμένοι άνθρωποι και οι ντόπιοι Αμερικανοί. Η πολιτική συμμετοχή και η ψηφοφορία περιορίζονταν σε λευκούς ιδιοκτήτες αρσενικών ακινήτων.