Οι αντιδράσεις των ενδημικών λαών στο Μισιόν Σονόμα—το τελευταίο και βορειότερο από τα 21 ισπανικά μισιόν της Καλοφορνίας, ιδρυμένο το 1823—ήταν μακριά από μονοειδείς. Dao από στρατηγική δέσμευση σε ανοιχτή αντίσταση, διαμορφώθηκαν από ατομικές συνθήκες, φυλετικές συμμετοχές και τις απαιτήσεις του μισιόν.
Μερικοί Coast Miwok, Southern Pomo, Wappo και Suisun ζήτησαν το μισιόν για συγκεκριμένες ανάγκες επιβίωσης: αξιόπιστο φαγητό, ενδύματα και στέγαση μέσῃ την αναταραχή του παραδοσιακού τρόπου ζωής λόγω μεξικανικών χορηγιών γης, εισαγόμενων ασθενειών και περιβαλλοντικής αλλαγής. Το μισιόν πρόσφερε δομημένη κοινότητα και νέες δεξιότητες—ξυλουργία, υφαντική, κτηνοτροφία—που ορισμένοι εκμεταλλεύτηκαν για να πλοηγηθούν στην αποικιακή οικονομία.
Ωστόσο, το σύστημα μισιόν επιβάλει αυστηρή ρυθμοποίηση: αναγκαστική χριστιανική μεταστροφή, σκληρά προγράμματα εργασίας, σωματική τιμωρία και κάθειρξη. Πολλοί neophytes (βαπτισμένοι εγχώριοι) προσπάθησαν να διαφύγουν· άλλοι αντέστησαν παθητικά μέσω βραδύτητας εργασίας ή πολιτιστικής επιμονής. Το 1775—πριν την ίδρυση του Μισιόν Σονόμα αλλά ενδεικτικό των περιοχικών τάσεων—μια συμμαχία υπό τον Αρίγον Marin επίθεσε και κάψι το Μισιόν Σαν Φρανσίσκο ντε Ασίσ (Μισιόν Dolores), σηματοδοτώντας βαθιά αντίσταση.
Ενώ ορισμένα άτομα ενσωματώθηκαν στην καλοφορνιακή κοινωνία, η εποχή του μισιόν καταστρέψαν τους εγχώριους πληθυσμούς μέσω ασθενειών, πολιτιστικής καταστολής και απώλειας πατρικών γαιών. Με την секуляριзация της δεκαετίας 1830, οι επιβιοῦσες κοινότητες αντιμετώπισαν περαιτέρω μετατόπιση. Σήμερα, οι απόγονοι αυτών των φυλών συνεχίζουν την πολιτιστική αναβίωση, ανακτώντας γλώσσες και παραδόσεις που διεφθάρησαν από το σύστημα μισιόν.
