Πολλοί Ινδοί προσελκύθηκαν στις αποστολές επειδή πρόσφεραν φαγητό, ρούχα και καταφύγιο. Οι αποστολές παρείχαν επίσης μια αίσθηση κοινότητας και ανήκειν σε πολλούς Ινδούς που είχαν εκτοπιστεί από τα παραδοσιακά εδάφη τους. Ωστόσο, οι ιεραπόστολοι επέβαλαν επίσης αυστηρούς κανόνες στους Ινδιάνους, όπως τους απαιτούσαν να ασπαστούν τον Χριστιανισμό και να εργάζονται πολλές ώρες στα χωράφια.
Μερικοί Ινδοί αντιστάθηκαν στις αποστολές και προσπάθησαν να δραπετεύσουν. Άλλοι αντέδρασαν εναντίον των Ισπανών στρατιωτών και ιεραπόστολων. Το 1775, μια ομάδα Ινδών με επικεφαλής τον αρχηγό Μάριν επιτέθηκε στην αποστολή Sonoma και την έκαψε ολοσχερώς.
Παρά τις δυσκολίες, ορισμένοι Ινδοί βρήκαν έναν τρόπο να προσαρμοστούν στη ζωή στις αποστολές. Έμαθαν νέες δεξιότητες και επαγγέλματα και έγιναν μέρος της ισπανικής αποικιακής κοινωνίας. Ωστόσο, οι αποστολές είχαν επίσης αρνητικό αντίκτυπο στην ινδική κουλτούρα και παραδόσεις. Πολλές ινδικές γλώσσες και έθιμα χάθηκαν και ο ινδικός πληθυσμός μειώθηκε σημαντικά λόγω ασθενειών και υπερβολικής εργασίας.
