Οι αρχικές προσπάθειες ανοικοδόμησης επικεντρώθηκαν στον καθαρισμό των συντριμμιών και των ερειπίων που άφησαν πίσω τους ο σεισμός και η φωτιά. Αυτό το έργο ξεκίνησε αμέσως μετά την καταστροφή και μέχρι το τέλος του 1906, η πόλη είχε καθαρίσει σχεδόν 4.000 οικοδομικά τετράγωνα.
Η ανοικοδόμηση της πόλης ήταν ένα τεράστιο εγχείρημα και αφορούσε την κατασκευή νέων κτιρίων, υποδομών και δημόσιων υπηρεσιών. Τα εμβληματικά ορόσημα της πόλης, όπως η γέφυρα Golden Gate, το Παλάτι των Καλών Τεχνών και η Πυραμίδα Transamerica, χτίστηκαν όλα αυτήν την περίοδο.
Η ανοικοδόμηση του Σαν Φρανσίσκο περιελάμβανε επίσης τη δημιουργία νέων γειτονιών, όπως η περιοχή Marina και η περιοχή Castro. Αυτές οι γειτονιές σχεδιάστηκαν με σύγχρονες πολεοδομικές αρχές και περιλάμβαναν χαρακτηριστικά όπως φαρδιές λεωφόρους, δημόσια πάρκα και παιδικές χαρές.
Η ανοικοδόμηση του Σαν Φρανσίσκο ήταν μια επιτυχημένη ιστορία και η πόλη αναδύθηκε από την καταστροφή ως μια πιο σύγχρονη και ζωντανή πόλη. Ο πληθυσμός της πόλης αυξήθηκε ραγδαία τα χρόνια που ακολούθησαν τον σεισμό και μέχρι το 1920, το Σαν Φρανσίσκο ήταν η ένατη μεγαλύτερη πόλη στις Ηνωμένες Πολιτείες.
