Η βάση ιδρύθηκε το 1918 ως εκπαιδευτική εγκατάσταση για τους ναυτικούς κατά τη διάρκεια του Α' Παγκοσμίου Πολέμου. Μετά τον πόλεμο, η βάση επεκτάθηκε για να συμπεριλάβει ένα ναυτικό ναυπηγείο, αποβάθρα και άλλες εγκαταστάσεις. Στη δεκαετία του 1950, η βάση έγινε το σπίτι του προγράμματος υποβρυχίων Trident και επεκτάθηκε ξανά για να φιλοξενήσει τα νέα υποβρύχια και τις εγκαταστάσεις υποστήριξής τους.
Σήμερα, το Naval Weapons Station Charleston είναι μια σημαντική ναυτική βάση που παίζει ζωτικό ρόλο στις επιχειρήσεις του Ναυτικού των Ηνωμένων Πολιτειών. Η βάση φιλοξενεί πάνω από 10.000 στρατιωτικό και πολιτικό προσωπικό και αποτελεί σημαντικό οικονομικό μοχλό για την περιοχή του Τσάρλεστον.
Η βάση φιλοξενεί επίσης μια σειρά από ιστορικά και πολιτιστικά ορόσημα, όπως η ιστορική περιοχή Charleston Navy Yard Historic District, το USS Yorktown CV-10 και το Patriots Point Naval &Maritime Museum.
