Ήταν καθοριστικός στον σχεδιασμό και την εκτέλεση της επίθεσης στο Περλ Χάρμπορ, και ήταν επίσης υπεύθυνος για πολλές άλλες μεγάλες ναυτικές επιχειρήσεις κατά τη διάρκεια του πολέμου.
Ο Γιαμαμότο ήταν ένας λαμπρός στρατηγός, αλλά μερικές φορές ήταν απερίσκεπτος και με υπερβολική αυτοπεποίθηση. Αυτό οδήγησε τελικά στην πτώση του, καθώς σκοτώθηκε όταν το αεροπλάνο του καταρρίφθηκε από τις αμερικανικές δυνάμεις το 1943.
Παρά το θάνατό του, η κληρονομιά του Γιαμαμότο ως ενός από τους πιο σημαντικούς ναυτικούς διοικητές στην ιστορία παραμένει άθικτη. Ήταν πραγματικός μάστορας της ναυτικής στρατηγικής και οι τακτικές και οι τεχνικές του μελετώνται και θαυμάζονται ακόμη και σήμερα από στρατιωτικούς μελετητές.
