Οι σφουγγάρες κατοικούν όλα τα θαλάσσια βάθη αλλά είναι πιο άφθονοι στην ευφωτική ζώνη (φωτεινό επάνω στρώμα, ~0–200 μ), όπου τα φωτοσυνθετικά συμβιωτικά οργανισμοί ευδοκιμούν. Πολλές κατοικούν επίσης τη μεσοφωτική ζώνη (200–150 μ), προσαρμοσμένες σε χαμηλό φως. Οι βαθύθαλασσίες σφουγγάρες υπάρχουν στην αφοτική ζώνη, βασισμένες σε φιλτράρισμα. Προσαρτώνται σε σκληρά υποστρώματα — βράχοι, φαραγγιά, κονχύλια — σε όλες τις ζώνες, σχηματίζοντας ζωτικούς βιότοπους και κόμβους κυκλών θρεπτικών.
