Το Μέγα Κοραλλιογενές Ρέφ λάβε το ευρωπαϊκό όνομά του στις 11 Ιουνίου 1770, όταν ο Υπολοχαγός Τζέιμς Cook (ακόμα όχι Καπετάνιος) ηγούμενος του HMB Endeavour καθίσατε σε κακοποιημένο στο Endeavour Reef (κοντά στην παρούσα Cooktown, Κουινσλαντ).
Ο Cook έγραψε στο ημερολόγιό του: "...το μεγάλο φράγμα ρεφ..." (πεζά, περιγραφικό). Το όνομα "Great Barrier Reef" τυπικά ορίστηκε από μεταγενέστερους χαρτογράφους (Matthew Flinders, 1802–03 surveys) και την Βρετανική Ναυτική Ακαδημία.
Αβοριτσινείς και Νησιώτες του Στενού Τόρες έχουν γνωρίσει, ονομάσει και ναυτιλίασει αυτά τα ρέφ για 60.000+ χρόνια. Οι Guugu Yimithirr ονομάζουν την περιοχή Gangaar· άλλες ομάδες έχουν ξεχωριστά ονόματα για συγκεκριμένα ρέφ, κανάλια και τοτεμικά σημεία. Η "ανακάλυψη" του Cook ήταν ευρωπαϊκή ονοματοδοσία, όχι ανθρώπινη ανακάλυψη.
Το όνομα μείνει γιατί το ρέφ είναι ένα μεγάλο φράγμα—προστατεύει την ακτή, προκαλεί την ναυσιπλοΐα και φιλοξενεί ανευρέτη ζωή.