Η αποστολή φιλοξενούσε μια ποικιλία ζώων, όπως βοοειδή, άλογα, πρόβατα, κατσίκες και χοίρους. Αυτά τα ζώα χρησιμοποιήθηκαν για φαγητό, μεταφορά και εργασία. Η αποστολή είχε επίσης ένα μεγάλο περιβόλι και ένα αμπέλι.
Τα ζώα της αποστολής διαχειρίζονταν οι vaqueros της αποστολής, οι οποίοι ήταν επιδέξιοι ιππείς. Οι vaqueros έβγαζαν τα ζώα σε βοσκότοπους και επίσης τα προστάτευαν από τα αρπακτικά. Τα ζώα της αποστολής ήταν ένα σημαντικό μέρος της οικονομίας της αποστολής και ήταν απαραίτητα για την επιτυχία της αποστολής.
Ακολουθεί μια πιο λεπτομερής λίστα με τα ζώα που ανατράφηκαν στο Mission San Jose:
* Βοοειδή: Τα βοοειδή ήταν τα πιο σημαντικά ζώα στην αποστολή. Χρησιμοποιούνταν για κρέας, γάλα και δέρμα. Τα βοοειδή της αποστολής χρησιμοποιήθηκαν επίσης για να τραβούν καρότσια και βαγόνια.
* Άλογα: Τα άλογα χρησιμοποιούνταν για μεταφορές και εργασία. Οι vaqueros της αποστολής χρησιμοποιούσαν άλογα για να εκτρέφουν βοοειδή και να ταξιδεύουν μεγάλες αποστάσεις.
* Πρόβατα: Τα πρόβατα εκτρέφονταν για το μαλλί τους. Το μαλλί της αποστολής χρησιμοποιήθηκε για την κατασκευή ρούχων, κουβερτών και άλλων υφασμάτων.
* Αίγες: Οι κατσίκες εκτρέφονταν για το γάλα και το κρέας τους. Οι κατσίκες της αποστολής βοήθησαν επίσης να καθαριστεί η χώρα από βούρτσες και ζιζάνια.
* Γουρούνια: Γουρούνια εκτρέφονταν για το κρέας τους. Οι χοίροι της αποστολής χρησιμοποιήθηκαν επίσης για την παραγωγή λαρδιού, το οποίο χρησιμοποιήθηκε για μαγείρεμα και ψήσιμο.
Τα ζώα που ανατράφηκαν στο Mission San Jose ήταν ένα ουσιαστικό μέρος της οικονομίας της αποστολής και ήταν απαραίτητα για την επιτυχία της αποστολής.
