Η πολιτεία του Μισούρι είναι πλούσια σε φυσικούς πόρους, με άφθονο υδατικό αποθέματα και διάφορα μεταλλεύματα.
Το Μισούρι οριοθετείται ανατολικά από τον Ποτάμο Mississippi και το βόρειο τμήμα της δυτικής ορίθιας συναντά τον Ποτάμο Missouri. Ο Ποτάμος White βρίσκεται στη νοτιοδυτική Μισούρι και τρέφεται από ρεματιές της νοτίας Μισούρι και της βορειοδυτικής Αρκάνσας. Άλλοι μικρότεροι ποτάμιοι περιλαμβάνουν τους St. Francis, Current, Meramec, Gasconade, Grand, Nodoway, Thompson και Chariton.
Η μεγαλύτερη λίμνη είναι η Lake of the Ozarks, καλύπτοντας περίπου 55.000 acres. Άλλες σημαντικές λίμνες: Mark Twain Lake, Harry S. Truman Reservoir, Stockton Lake, Clearwater Lake, Lake Wappapello, Lake Taneycomo και Table Rock Lake.
Το Μισούρι διαθέτει δημόσιους υγρότοπους σε περιοχές προστασίας σε όλη την πολιτεία.
Περιλαμβάνουν ασβέστη, άμμο, χαλίκι, βαρύτη, άργιλο, χαλάρα και γρανίτη.
Μόλυβδος, ψευδάργυρος και σίδηρος.
Ανθρακίς, πετρέλαιο και φυσικό αέριο βρίσκονται στη βορειοδυτική Μισούρι.