Το όνομα Μινεσότα προέρχεται από τη λέξη Ντάκοτα (Σιού) Μνισότα (ή Μνισότα), που σημαίνει «ουρανοβαμμένο νερό» ή «νεφελωμένο νερό». Αναφέρεται στον Ποταμό Μινεσότα, του οποίου το γαλακτώδες, ιλισμοφόρο ρεύμα αντανακλά τον ουρανό. Οι πρώιμες γαλλικές εξερευνήσεις το καταγράφουν ως «Μινεσότα»; η επαρχία και αργότερα η πολιτεία υιοθέτησαν το όνομα.
