Η λεκάνη του Κονγκό έχει διάφορα κλίματα, αν και το μεγαλύτερο μέρος της καλύπτεται από το κλίμα των τροπικών δασών (Af) λόγω της θέσης της κοντά στον ισημερινό.
Υετό
Η λεκάνη χαρακτηρίζεται από έντονες βροχοπτώσεις, οι οποίες πέφτουν κυρίως κατά την υγρή περίοδο Οκτωβρίου-Μαΐου. Η βροχόπτωση μειώνεται από τα δυτικά προς τα ανατολικά και από νότο προς βορρά. Το δυτικό τμήμα της λεκάνης δέχεται πάνω από 2.000 mm βροχής ετησίως, ενώ το ανατολικό μέρος δέχεται μόνο περίπου 1.000 mm.
Θερμοκρασία
Η θερμοκρασία στη λεκάνη είναι σχετικά σταθερή καθ' όλη τη διάρκεια του έτους, με μέση ετήσια θερμοκρασία περίπου 25 °C (77 °F). Η θερμοκρασία κυμαίνεται από 30 °C (86 °F) κατά τη διάρκεια της υγρής περιόδου έως 20 °C (68 °F) κατά την ξηρή περίοδο.
Υγρασία
Η υγρασία στη λεκάνη είναι επίσης πολύ υψηλή, με μέση ετήσια υγρασία γύρω στο 80%. Η υγρασία κυμαίνεται από 90% κατά την υγρή περίοδο έως 60% κατά την ξηρή περίοδο.
Εποχές
Η λεκάνη του Κονγκό έχει δύο εποχές:την υγρή και την ξηρή. Η υγρή περίοδος διαρκεί από τον Οκτώβριο έως τον Μάιο και η ξηρή περίοδος διαρκεί από τον Ιούνιο έως τον Σεπτέμβριο.
Η υγρή περίοδος χαρακτηρίζεται από έντονες βροχοπτώσεις και υψηλή υγρασία. Η ξηρή περίοδος χαρακτηρίζεται από λιγότερες βροχοπτώσεις και χαμηλότερη υγρασία.
