Το Μισιόν Σαν Κάρλος Μπορρόμεο ντε Καρμέλο (ιδρύθηκε 1770, μετακινήθηκε 1771), hovedquarters του καλιφορνιακού συστήματος μισιόν υπό τον Ιουνιέρο Σέρρα, αντιμετώπισε μόνιμες κρίσεις που υποκείναν τα ιδανικά της ίδρυσης.
Οι Έσελεν, Ολόνε (Κοστανουάν) και Σαλινάν λαοί αντέστησαν στην πλήρη ανάπλαση. Αιτίες: βαθιά πνευματική δέσμευση στην πατρική κοσμολογία· καθεστώς μισιόν (ακριβές χρονοδιάγραμμα, σωματική τιμωρία) συγκρούονταν με εποχική κινητικότητα· γλωσσικά εμπόδια (δεν υπήρχε γραπτή Έσελεν/Ολόνε); травμα από εισαγόμενες ασθένειες και στρατιωτικές ενέργειες.
Μαζέμια (1806), βολεντιά (1781, 1838), δυσεντερία, σύφιλη. Ποσοστά θνησιμότητας 50–80% στις επιδημίες. Πληθυσμός πέφτει από ~1.500 (1790s) σε ~200 (1830s). Υψηλό λόγο θανάτου/γέννησης καταδίκασε τη δημογραφική βιωσιμότητα.
Οι νεόφυτοι εργάζονταν 6+ ημέρες/εβδομάδα: γεωργία, κατασκευές, υφαντεία, δερμάτιση. Διάτροφη συχνά ανεπαρκής (ατόλε, ποζόλες). Υπερσυμπληρωμένα, μη υγιεινά δωμάτια. Διαφυγάδες (φουγκίτιβος) καταδιώκονταν από στρατιώτες· φτέρυγα, πέδες, ξύλινα ποδώματα χρησιμοποιούνταν.
Στρατιώτες του Πρεσιδίου απηρπαζόν εργασία μισιόν, κτήνη και γυναίκες. Εδαφικές διαφορές με αστικούς colons (ποπλάντες) που παρεμβαίνουν στα γαζόνια μισιόν. Οι αγγελίες Σέρρα στον βικέρειο συχνά αγνοούνταν.
Το Μεξικανικό κράτος απέσπα τα εδάφη μισιόν (στους Καλιφορνίους, όχι στους Ινδιάνους). Κτίρια ληστεύτηκαν, κεραμιδιά τσέπησαν, αδόβια λιώθηκαν. Ο τάφος Σέρρα (1784) παρέμεινε τόπος προσκύνησης. Αποκατάσταση 1880s και μετά· τώρα βασιλική και ενεργή paroικία.
Το Σαν Κάρλος Μπορρόμεο στερεωτοποιεί τη τραγωδία του συστήματος μισιόν: πνευματική амбиция συντριμμένη από ασθένειες, ανάγκαση και γεωπολιτική.
