Παρά τις προσπάθειες των ιεραποστόλων, τα ποσοστά μετατροπής στο Mission San Carlos Borromeo παρέμειναν σχετικά χαμηλά. Αυτό οφειλόταν σε διάφορους παράγοντες, όπως:
- Η ισχυρή προσκόλληση των ιθαγενών στις παραδοσιακές πεποιθήσεις και πρακτικές τους.
- Οι σκληρές συνθήκες διαβίωσης στην ιεραποστολή, που έκαναν πολλούς ανθρώπους να διστάζουν να προσηλυτίσουν.
- Το γλωσσικό εμπόδιο, που δυσκόλευε την επικοινωνία των ιεραποστόλων με τους ιθαγενείς.
- Οι αρνητικές εμπειρίες που είχαν κάποιοι ιθαγενείς με τους Ισπανούς, που τους έκανε να επιφυλακτικοί στο να προσηλυτίσουν στον Καθολικισμό.
2. Ασθένεια
Η ασθένεια ήταν ένα σημαντικό πρόβλημα στην αποστολή San Carlos Borromeo, όπως ήταν και σε πολλές άλλες αποστολές στην Καλιφόρνια. Οι ιθαγενείς ήταν ιδιαίτερα ευάλωτοι σε ευρωπαϊκές ασθένειες, όπως η ευλογιά, η ιλαρά και η γρίπη, στις οποίες δεν είχαν ανοσία. Αυτές οι ασθένειες συχνά εξαπλώνονται γρήγορα μέσω των κοινοτήτων της αποστολής, αποδεκατίζοντας τον πληθυσμό.
3. Δύσκολες συνθήκες διαβίωσης
Οι συνθήκες διαβίωσης στο Mission San Carlos Borromeo ήταν συχνά σκληρές. Οι ιθαγενείς αναγκάζονταν να δουλεύουν πολλές ώρες στα χωράφια και συχνά τρέφονταν και στεγάζονταν άσχημα. Αυτό οδήγησε σε εκτεταμένο υποσιτισμό, ασθένειες και θάνατο.
4. Σύγκρουση με τους Ισπανούς
Οι ιθαγενείς στην Αποστολή San Carlos Borromeo είχαν συχνά σύγκρουση με τους Ισπανούς ιεραπόστολους και στρατιώτες. Αυτή η σύγκρουση οφειλόταν σε διάφορους παράγοντες, όπως:
- Η ισπανική επιβολή των θρησκευτικών τους πεποιθήσεων και πρακτικών στους αυτόχθονες πληθυσμούς.
- Η ισπανική κατάληψη γης και πόρων των ιθαγενών.
- Η σκληρή μεταχείριση των ιθαγενών από τους Ισπανούς.
5. Παρακμή και εγκατάλειψη
Στα τέλη του 18ου και στις αρχές του 19ου αιώνα, η αποστολή San Carlos Borromeo άρχισε να παρακμάζει. Ο πληθυσμός της αποστολής μειώθηκε και τα κτίρια της αποστολής ερειπώθηκαν. Το 1834, η μεξικανική κυβέρνηση εκκοσμίκευσε την αποστολή και εγκαταλείφθηκε από τους Φραγκισκανούς.
Αυτά είναι μερικά μόνο από τα προβλήματα που αντιμετώπισε η Mission San Carlos Borromeo κατά τη διάρκεια της ιστορίας της. Παρά αυτές τις προκλήσεις, η αποστολή διαδραμάτισε σημαντικό ρόλο στην ανάπτυξη της Καλιφόρνια και στην αφομοίωση των αυτόχθονων πληθυσμών στην ισπανική κουλτούρα.
