Ο πιο σημαντικός παράγοντας που συμβάλλει στην καθαριότητα των νερών της Ανταρκτικής είναι η έλλειψη ανθρώπινης δραστηριότητας. Δεν υπάρχουν μόνιμοι ανθρώπινοι οικισμοί στην Ανταρκτική και η μόνη ανθρώπινη παρουσία είναι από επιστημονικούς ερευνητικούς σταθμούς. Αυτοί οι σταθμοί είναι αυστηρά ρυθμισμένοι και ακολουθούν αυστηρά περιβαλλοντικά πρωτόκολλα για την ελαχιστοποίηση των επιπτώσεών τους στο περιβάλλον. Ως αποτέλεσμα, υπάρχει πολύ μικρή ρύπανση από ανθρώπινες πηγές στα νερά της Ανταρκτικής.
Οι ακραίες χαμηλές θερμοκρασίες στην Ανταρκτική βοηθούν επίσης να διατηρηθεί το νερό καθαρό. Η μέση θερμοκρασία στην Ανταρκτική είναι περίπου -57°C, η οποία είναι πολύ κρύα για να επιβιώσουν τα περισσότερα βακτήρια και άλλοι μικροοργανισμοί. Αυτό σημαίνει ότι υπάρχει πολύ μικρή βιολογική δραστηριότητα στα νερά της Ανταρκτικής, η οποία βοηθά στην πρόληψη της συσσώρευσης οργανικής ύλης και ρύπων.
Τέλος, η παρουσία φυσικών φίλτρων όπως ο πάγος και το χιόνι βοηθά στην απομάκρυνση των ακαθαρσιών από τα νερά της Ανταρκτικής. Ο πάγος και το χιόνι έχουν μεγάλη επιφάνεια, η οποία τους επιτρέπει να απορροφούν ρύπους και άλλα σωματίδια. Καθώς ο πάγος και το χιόνι λιώνουν, αυτές οι ακαθαρσίες απελευθερώνονται πίσω στο νερό, αλλά συχνά αραιώνονται σε τόσο χαμηλό επίπεδο που δεν αποτελούν απειλή για την ανθρώπινη υγεία ή το περιβάλλον.
Συνολικά, το νερό στην Ανταρκτική θεωρείται από τα πιο καθαρά στον κόσμο λόγω της έλλειψης ανθρώπινης δραστηριότητας, των εξαιρετικά χαμηλών θερμοκρασιών και της παρουσίας φυσικών φίλτρων όπως ο πάγος και το χιόνι.
