Αν και ο πολιτισμός της κοιλάδας του Ινδού ήταν ιδιαίτερα οργανωμένος, δεν υπάρχουν στοιχεία που να υποδηλώνουν ότι κυβερνήθηκε από μια κεντρική κυβέρνηση. Αντίθετα, πιστεύεται ότι ο πολιτισμός διοικούνταν από ένα χαλαρά οργανωμένο δίκτυο πόλεων-κρατών ή αυτόνομων κοινοτήτων, με κάθε πόλη να έχει τους δικούς της ηγέτες.
Αυτοί οι ηγέτες μπορεί να ήταν ιερείς, έμποροι ή πρεσβύτεροι που κατείχαν θέσεις επιρροής και εξουσίας στις κοινότητές τους. Ωστόσο, η ακριβής φύση της ηγεσίας τους και τα συγκεκριμένα άτομα που κατείχαν αυτές τις θέσεις παραμένουν θέματα συνεχούς έρευνας και εικασιών.
