Οι κόραλλινες ρίφες δεν είναι απλώς σ olid τοίχοι κοραλλιών· είναι γεμάτες σπηλαίες, σηραγγες και υπερκρεμώματα σχηματισμένα από διάβρωση, βιοδιάβρωση (οργανισμοί τρυπήσεως) και τα πολύπλοκα μοτίβα ανάπτυξης των κοραλλιών τους.
Αυτοί οι υπογεώδεις χώροι παρέχουν κρίσιμο καταφύγιο για τεράστια ποικιλία θαλάσσιων ζωών—ψάρια, μαλακόστρακα, χταπόδια και άλλα—αυξάνοντας τη συνολική βιοποικιλότητα της ρίφους. Μερικές σπηλαίες είναι αρκετά μεγάλες για να εξερευνηθούν από δυτές, αποκαλύπτοντας έναν κρυφό κόσμο νυχτερινών ειδών και λεπτών διαμορφώσεων.
Έτσι, ενώ η επιφάνεια της ρίφους διαζήτει με χρώματα, τα εσωτερικά της κοιλώματα είναι εξίσου σημαντικά οικολογικά νίσια.
