Ενώ ορισμένα κοράλλια μπορούν να βρεθούν σε βαθύτερα νερά, γενικά δεν είναι τόσο άφθονα ή ποικίλα όσο σε περιβάλλοντα ρηχών υφάλων. Οι βαθύτεροι γνωστοί κοραλλιογενείς ύφαλοι εμφανίζονται σε βάθη περίπου 150 μέτρων (492 πόδια), αλλά αυτές είναι σπάνιες εξαιρέσεις. Οι περισσότεροι κοραλλιογενείς ύφαλοι βρίσκονται σε πιο ρηχά νερά, συχνά όχι πιο βαθιά από 20-30 μέτρα (66-98 πόδια).
Τα περιβάλλοντα βαθέων υδάτων χαρακτηρίζονται από χαμηλές θερμοκρασίες, υψηλή πίεση και περιορισμένη διείσδυση φωτός, τα οποία γενικά δεν ευνοούν την επιβίωση και την ανάπτυξη των κοραλλιών. Ωστόσο, ορισμένα είδη κοραλλιών έχουν προσαρμοστεί σε αυτές τις ακραίες συνθήκες και μπορούν να βρεθούν σε βαθύτερα μέρη του ωκεανού, συμπεριλαμβανομένων των κοραλλιών κρύου νερού, τα οποία κατοικούν σε βάθη που κυμαίνονται από 50 έως πάνω από 1.000 μέτρα (164 έως πάνω από 3.280 πόδια). Αυτά τα κοράλλια βαθέων υδάτων συνδέονται συχνά με θαλάσσια βουνά, υποβρύχια φαράγγια και άλλα τοπογραφικά χαρακτηριστικά που παρέχουν κατάλληλους οικοτόπους.
Επομένως, ενώ ορισμένα είδη κοραλλιών μπορούν να υπάρχουν σε περιοχές βαθέων υδάτων, δεν είναι τόσο διαδεδομένα ή ποικίλα όσο σε περιβάλλοντα με ρηχά νερά, όπου οι περιβαλλοντικές συνθήκες είναι πιο ευνοϊκές για την ανάπτυξη και την επιβίωση των κοραλλιών.