Οι κοραλλιογενείς φραγμοί—συχνά καλούμενοι «δασές της θάλασσας»—αντιμετωπίζουν βομβαρδισμό απειλών. Η κατανόησή τους είναι το πρώτο βήμα προς την προστασία.
Η άνοδος θερμοκρασίας ωκεανών προκαλεί στους κοραλλιογενείς να εκτοξεύουν τις συμβιωτικές τους φύκους (zooxanthellae), γίνοντας λευκοί. Διαχρονική αποχρώμαση οδηγεί σε πείνα και θάνατο.
Υπερβολικό CO₂ χαμηλώνει το pH της θάλασσας, μειώνοντας ιόντα καρβονικού που χρειάζονται οι κοραλλιογενείς για σκελετό. Ασθενείς δομές ευάλωτες σε φθορά και ζημιές καταιγίδων.
Αποχετεύσεις, γεωργική απόβληση (λιπάσματα, πεστικίδες), και πλαστικές απόβλητες καλύπτουν φραγμούς, προκαλούν άλγας, και εισάγουν παθογόνα.
Αφαίρεση φυτόφαγων ψαριών (παπαγάλοψαρα, surgeonfish) επιτρέπει σε φύκους να υπερκαλύψουν κοραλλιογενείς. Βομβαρδιστική αλιεία και χρήση κυανού φυσικά καταστρέφουν πλαίσια φραγμών.
Διαχείριση, εκτεταμένη χερσαία ανάκτηση, και κατασκευές αυξάνουν ιλύ, αποκλείοντας φως και θάπτοντας κοραλλιογενείς πολύπους.
Ζεστότερα, στρεσκαρισμένα νερά επιταχύνουν εξάπλωση λευκής ασθένειας, μαύρου ζώνης νόσου, και άλλων, εξοντώνοντας ολόκληρες kolonίες.
Η αντιμετώπιση αυτών των απειλών απαιτεί παγκόσμια κοπή εκπομπών, τοπική διαχείριση αλιείας, έλεγχο ρύπανσης, και θαλάσσιες προστατευόμενες περιοχές.
