Η κλιματική αλλαγή είναι η μεγαλύτερη απειλή για τους κοραλλιογενείς υφάλους. Ο ωκεανός απορροφά θερμότητα από την ατμόσφαιρα, η οποία προκαλεί την άνοδο της θερμοκρασίας του νερού. Αυτό μπορεί να προκαλέσει λεύκανση των κοραλλιών, η οποία είναι μια διαδικασία όπου το κοράλλι διώχνει τα συμβιωτικά φύκια του και γίνεται λευκό. Η λεύκανση των κοραλλιών μπορεί να οδηγήσει σε θάνατο των κοραλλιών εάν τα φύκια δεν είναι σε θέση να ξανακατοικήσουν τα κοράλλια.
Οξίνιση των ωκεανών
Η οξίνιση των ωκεανών είναι μια άλλη απειλή για τους κοραλλιογενείς υφάλους. Ο ωκεανός γίνεται πιο όξινος ως αποτέλεσμα των αυξημένων εκπομπών διοξειδίου του άνθρακα από τις ανθρώπινες δραστηριότητες. Το όξινο νερό μπορεί να διαλύσει τους κοραλλιογενείς σκελετούς, καθιστώντας τους πιο εύθραυστους και επιρρεπείς σε ζημιές.
Ρύπανση
Η ρύπανση από χερσαίες πηγές μπορεί επίσης να βλάψει τους κοραλλιογενείς υφάλους. Τα λύματα, τα λιπάσματα και άλλοι ρύποι μπορούν να εισέλθουν στον ωκεανό και να σκοτώσουν τα κοράλλια ή να διαταράξουν τον αναπαραγωγικό τους κύκλο.
Υπεραλίευση
Η υπεραλίευση μπορεί επίσης να βλάψει τους κοραλλιογενείς υφάλους. Τα ψάρια που τρώνε κοράλλια ή φύκια μπορούν να βοηθήσουν να διατηρήσουν τον ύφαλο σε ισορροπία. Ωστόσο, εάν αυτά τα ψάρια υπεραλιεύονται, ο κοραλλιογενής ύφαλος μπορεί να κατακλυστεί από φύκια, τα οποία μπορούν να πνίξουν το κοράλλι και να οδηγήσουν στο θάνατό του.
Ανάπτυξη ακτών
Η ανάπτυξη των ακτών μπορεί επίσης να βλάψει τους κοραλλιογενείς υφάλους. Η κατασκευή ξενοδοχείων, θέρετρων και άλλων κατασκευών μπορεί να καταστρέψει τους κοραλλιογενείς υφάλους ή να εμποδίσει το φως του ήλιου που χρειάζονται για να επιβιώσουν.
Ασθένεια
Οι κοραλλιογενείς ύφαλοι είναι επίσης ευαίσθητοι σε ασθένειες. Οι ασθένειες των κοραλλιών μπορούν να εξαπλωθούν γρήγορα και να σκοτώσουν μεγάλο αριθμό κοραλλιών.