Παρόλο την τυπική ενότητα, η Ρωσική Ομοσπονδία διαχειρίζει βαθιά ριζωμένες διενέξεις που περιοδικά ξεσπούν σε βία ή πολιτική κρίση.
Μη-Ρωσικές τιτουλαρικές ομάδες (Τατάροι, Μπασκίρ, Τσετσένοι, Γιακούτες, κ.λπ.) απαιτούν μεγαλύτερη αυτονομία, γλωσσικά δικαιώματα και έλεγχο πόρων. Δύο Τσετσένια πολέμοι (1994–96, 1999–2009) και συνεχής χαμηλού επιπέδου εξέγερση στη Βόρεια Καύκασο απεικονίζουν τα κίνδυνα.
Η Ρωσική Ορθόδοξη Εκκλησία απολαμβάνει κράτη υποστήριξη, ενώ μουσουλμανικές περιοχές (Ταταριστάν, Μπασκορτοστάν, Νταγεστάν, Τσετσένια) ζητούν Σαρία-προσανατολισμένο οικογενειακό δίκαιο και εκπαίδευση. Ισλαμιστική ριζοσπαστικοποίηση έχει σπρώξει τρομοκρατικές επιθέσεις (Μπέσλαν, μετρό Μόσχας, Κρόκους Σίτι Χολ).
Αν μην αντιμετωπιστούν, αυτές οι διασταυρούμενες πίεσεις μπορούν να αναστατώσουν την εδαφική ακεραιότητα της ομοσπονδίας.