Παρόλο που είναι χερσαία, η Σλοβακία διαθέτει σημαντικά γλυκά νερά. Τρία μεγάλα ποτάμια διασχίζουν τη χώρα: ο Δούναβης, ο Βαχ και ο Χρον. Περιέχει επίσης περισσότερες από 1.400 λίμνες, τη μεγαλύτερη και πιο διάσημη από τις οποίες είναι η Στρμπσκέ Πλέσο στα Υψηλά Τάτρα. Αυτά τα νερά υποστηρίζουν τουρισμό, υδροηλεκτρισμό και βιοποικιλότητα.
